Сложили их в корзину и, по обычаю, внесли в церковь на всенощное бдение. Был при этом и старец-духовник Арсений и вместе с отцом Иоанникием радовался радостью духовной, видя, что его почившее о Господе чадо сподобилось милости Божией. Во время всенощного бдения благоухание от костей так усилилось, что заглушило собой церковный фимиам, и в самом алтаре ощущалось оно священнослужителями. Тогда отец Иоанникий с зажженной свечой подошел к костям покойника, в корзине среди церкви лежащим, и увидел, что из ушных отверстий черепа текли две струи благоуханного мира, от которого на всю церковь разносилось благоухание. Тогда воскликнул он громко: «Приидите, отцы и братие, посмотрите сию дивную вещь и прославьте Господа, творящего чудеса!» Все бывшие в церкви сошлись посмотреть и, увидев, возрадовались и благодарили Бога, а отец Иоанникий при этом говорил братии: «Вот, отцы святые, из сухой кости истекло миро, и притом не из какого другого места, а из ушей, и это потому, что уши сии не имели сытости в слушании слова Божия и всякого душеспасительного писания. В Бозе почивший отец Никодим был чтец и певец и так любил слушать Священное Писание, что день и ночь готов был его слушать без утомления. Это мне хорошо известно, ибо мы одного города уроженцы и от юности были братьями и друзьями о Господе. Мы оба вместе оставили суетный мир с его прелестями, несколько лет странствовали, вместе пришли на Святую Афонскую Гору и хотели здесь вместе, в одной келлии, и жить, но ученики нас разлучили. Часто случалось, что по целым ночам читал я ему, а он прилежно слушал слово Божие и говорил: “Столько люблю я слушать Божественное Писание, что, если бы кто читал непрестанно, никогда бы не соскучился слушать”. Теперь Господь явно показал нам, сколь полезно нам слушать Божественное Писание. Эти сухие кости, три года лежавшие в земле, источают благоуханное миро, и это потому, что отец Никодим был не только слушатель, но и творец слышанного в Писании, за что вот теперь и сподобился столь явного знамения над ним милости Божией. И мы, ежели будем подражать сему блаженной памяти схимонаху Никодиму, слушать Священное Писание и исполнять его делом, сподобимся с ним вечного блаженства».
Ко времени переселения отца Иоанникия в Русский монастырь обитель эта, перешедшая в XVIII веке к грекам[8], находилась в крайней нищете, что вынудило греческих насельников позвать русских, рассеянных по всему Афону, на совместное жительство. Мудрый игумен монастыря Герасим всячески содействовал возвращению русских: он понимал, что такая сильная страна, как Россия, в которой живет много искренне верующих, благочестивых и добросердечных христиан, не оставит без поддержки обитель соплеменников. В октябре 1840 года монах Иоанникий вселяется на всегдашнее жительство в Русский Пантелеимонов монастырь, где вскоре принимает схиму с именем Иероним.
В начале своей деятельности отец Иероним приложил немалые усилия, чтобы установить связи с Россией. Он посылал письменные воззвания к русскому народу о нуждах монастыря, всегда был душой этой переписки, умел ее сделать душеполезной для своих адресатов, чем снискал уважение и любовь к обители. Обращение к соотечественникам нашло полное сочувствие, и из России в Пантелеимонов монастырь потекли пожертвования. Вместе с тем на Афон потянулся поток богомольцев, стало возрастать число русской братии монастыря.
Многие из паломников пленялись душеспасительной беседой и богомудрыми словами отца Иеронима и по возвращении на родину оставались с ним в переписке. Были у старца и такие заочные духовные чада, которые, никогда его не видя, пользовались его письменными советами. Так с течением времени обитель Пантелеимонова всё более и более укреплялась духовно и материально и, можно сказать без преувеличения, стала влиять на духовно-нравственное состояние российских граждан[9].
Сама Пресвятая Богородица покровительствовала трудам отца Иеронима и не раз являлась и самому старцу, и другим достойным братьям.
Поначалу для пришедших в Пантелеимонову обитель русских монахов одним из трудновыносимых подвигов оказалось вкушение греческой пищи, которую составляли в основном бобы, фасоль и чечевица. Заботливый отец Иероним жалел свою братию, бывших келлиотов, только начинавших привыкать к суровости общежительных уставов, наставлял их и молился о них. И вскоре взволнованные умы были успокоены его рассказом о чудном видении, бывшем одному из братии, более других недовольному трапезой.