Долгие поиски своего брата также позволили Ёритомо узнать своих настоящих друзей при дворе, в храмах и прочих местах. Члены аристократии, поддерживавшие Ёсицунэ, были смещены со своих постов, а иногда и судимы; императорское правительство в столице было реорганизовано по принципам, удобным для Камакура. Все это явилось частью того, что сам Ёритомо насколько напыщенно именовал «началом страны» (
Уже во время своего проживания в столице, Ёсицунэ стал жертвой политической интриги отошедшего от дел императора, постаравшегося использовать его в своей игре против Ёритомо. Теперь очевидно, что старший брат использовал его на каждом этапе своей жизни для достижения своих целей, и наконец уничтожил. Но опять-таки, именно эта невинность и жертвенность не только не принижает светлый образ Ёсицунэ, но еще и добавляет ему героической остроты.
В противоположность своему несчастному брату, основный вкладом которого было предоставление себя для использования другими, Ёритомо заявил о себе, как об одном из истинно творческих лидеров в японской истории, который свел воедино новые системы администрации, законопорядка и дисциплины, во многом превосходившие те, что сохранялись до этого на протяжении долгих веков. Хотя старое гражданское правительство в Киото, основываясь на престиже императорской фамилии, в теории продолжало осуществлять высшую власть в стране, центр Минамото в Камакура, основанный Ёритомо в самом начале как исключительно военная ставка, стал вторым центром в стране, из которого и проистекала вся реальная власть. С самого начала своего выступления против Тайра в 1180 году Ёритомо сконцентрировался на администрировании и политике, направляя все движения из отдаленной восточной базы и ни разу не предводительствуя армией. Наконец в 1192 году, когда его правление консолидировалось, а сам он стал непререкаемым политическим хозяином страны, он взял себе титул «Сёгун» — Верховный Командующий. В придворной иерархии это был сравнительно низкий ранг, но он подразумевал контроль над архиважным воинским классом. И хотя реальное военное правление недолго оставалось у наследников Ёритомо в его семье, правление сёгуната, которое он создал в конце XII века, в той или иной форме просуществовало почти семьсот лет.[228]
Хотя Ёритомо признается историками, как один из наиболее замечательных исторических деятелей Японии, его роль в легенде (и в многочисленных пьесах и других литературных произведениях, основанных на ней) играет почти абсолютный злодей; здесь он представлен в качестве «удачно оставшегося в живых», махинации которого привели к падению достойного всяческой жалости и любви героя. В то время, как галантный Ёсицунэ и небольшая группа его последователей занимают центр сцены, повелитель Камакура «реет» на задворках — бессердечный, хладнокровный человек, живущий ненавистью к своим врагам и жаждой личной власти. После поражения Тайра он, как сообщают, приказал, чтобы маленьких детей из вражеского клана утопили, или закопали живьем, а старших зарезали или задушили. Нам сообщают, что даже самые суровые из его восточных предводителей колебались — выполнять ли эти ужасные приказания, однако у них не было другого выхода. Затем, по легенде, жестокий, завистливый характер Ёритомо заставил его обратиться против популярного молодого героя Ёсицунэ и преследовать его до самой смерти. На самом деле повелитель Камакура имел вполне объяснимые причины не любить своего непокорного брата, видя в нем постоянный источник разобщенности и смуты в стране; однако, по легендарной версии, его вдохновляла исключительно зависть и мстительность.