Конечно, недочетов, ошибок из-за нерасторопности, а то и пресловутого разгильдяйства исполнителей было предостаточно (что особенно ярко проявилось в организации читинскими чиновниками шестого сплава и вызвало ярость генерала), и это не могло не сказаться на эффективности происходящих грандиозных событий — оживления и оживания огромного края. Но не ошибки и недостатки определяли внешность и суть преобразований — лицом их становились русские поселки, деревни, села и станицы на берегах Амура и Уссури. Однако требовалось не только занимать и осваивать новые земли, но и охранять их от покушений со стороны непостоянных китайцев и последовательных в своих стремлениях англичан, утверждающихся в Китае. А эти задачи могли выполнить лишь казаки. На них и делал главную ставку генерал-губернатор. И, надо сказать, казаки не подводили: несмотря на трудности с продовольственным обеспечением, только за два неполных года появилось 11 станиц.
Кроме того, Муравьев озаботился неопределенным положением Сахалина, который, как он полагал, для полной безопасности нашего побережья должен полностью принадлежать России. Но по этому вопросу надо было договариваться с Японией, и в 1859 году он совершил туда дипломатическое путешествие на пароходе «Америка». Этот вояж ни к каким результатам в международных отношениях не привел, однако оказался весьма полезным для закрепления России на берегах Японского моря. Обследуя на пути в Хакодате побережье к югу от Императорской гавани, Муравьев убедился в перспективности залива Петра Великого и бухты Посьета, расположенной у самой границы Кореи. В первом он приказал поставить военный пост, что было сделано в следующем году и тем самым положено начало Владивостоку; вторую граф определил как крайнюю южную точку российских владений на Азиатском материке, что и нанес подполковник Будогосский на карту, которая готовилась в этом походе для передачи российскому послу в Пекине генералу Игнатьеву. Эта карта сыграла свою роль в дальнейшем, при заключении Игнатьевым Пекинского договора о границах.
Получив в подчинение дополнительно «Францию» и «Италию», Муравьев невольно ощутил себя властителем истинно Восточной империи, однако при всем своем честолюбии не загордился — окунаясь каждодневно в горько-соленый прибой новых нескончаемых забот и волнений, он остро осознал необходимость разделения Восточной Сибири на два генерал-губернаторства (для более успешного управления): так сказать, «морское» — в виде уже имеющейся Приморской области, и «сухопутное» — все остальное, кроме Енисейской губернии, которую он полагал передать Западной Сибири. Граф уже убедился на примерах выделения Якутской, Камчатской и Забайкальской областей, насколько это приближает местные власти к проблемам подведомственных территорий, да и просто к населению, и в своих письмах великому князю начал исподволь проводить эту мысль. Он надеялся «заразить» ею генерал-адмирала, а через него и самого императора. Приехав в Петербург весной 1860 года, Муравьев подал императору докладную записку со своим проектом. Александр Николаевич вроде бы согласился, но передал вопрос на рассмотрение Сибирскому комитету. В Комитет входил почти весь Кабинет министров, который дружно выступил против разделения, и это было понятно: министрам проще иметь дело с одним генерал-губернатором, нежели с двумя, каждый из которых имеет свой норов, да к тому же воспитанниками Муравьева, поскольку он предлагал на эти посты Корсакова и Казакевича. Генерал-губернатором единой Восточной Сибири, по их мнению, должен оставаться Муравьев — по крайней мере до окончательного решения китайского вопроса. Единственное, на что согласился император, — это назначить Муравьеву помощника (естественно, Корсакова) с хорошим годовым содержанием (8 тысяч рублей серебром).
Скрепя сердце Николай Николаевич вернулся в Сибирь и продолжал заниматься переселением и укреплением границы. К концу 1860-го на Амуре уже была 61 станица, а на Уссури — 23. Русское население Приамурья и Уссурийского края превысило 11 с половиной тысяч человек.
И тут свершилось еще одно великое историческое событие: 2 ноября генерал Игнатьев заключил Пекинский договор, который подтвердил правомочность Айгунского и Тяньцзинского трактатов и установил границу по Уссури вплоть до Кореи. Проезжая на пути в Петербург через Иркутск, Игнатьев был встречен Муравьевым как истинный герой — с соответствующим чествованием и торжественными обедами и ужинами.
Все посчитали, что «Китайское дело» закончилось. Однако «надо помнить, — предупреждающе писал современник, — что Китай, уступая Амур и Уссури, исполнил требования России только благодаря энергии графа Муравьева-Амурского. Китайцы, видя такую его настойчивость, никак не предполагали, что за ним стоит всего только несколько сот штыков; им казалось, что решительные действия графа могли опираться лишь на грозную военную силу — и они уступили, но уступили в намерении и надежде вернуть потерянное, уступили с затаенною злобою и ненавистью к русским пришельцам».