Владыка посещал и тюрьмы, совершая Божественную литургию для осужденных на обычном маленьком столе. Но самое трудное дело пастыря – навещать душевнобольных и бесноватых (Владыка их точно различал). В пригородах Шанхая была психиатрическая лечебница, и только Владыка обладал духовной силой, чтобы навещать этих тяжело больных людей. Он приобщал их, и они удивительным образом мирно принимали его и слушали, всегда ждали его посещения и встречали с радостью.
Владыка обладал великим мужеством. Во время оккупации японские власти старались любым способом подчинить себе русскую колонию. Давление оказывалось через руководителей Русского эмигрантского комитета. Два президента этого комитета боролись за сохранение независимости, и оба были убиты. Смущение и страх охватил русскую колонию, и в этот момент владыка Иоанн, несмотря на предупреждения русских, сотрудничавших с японцами, объявил себя временным главой русской колонии.
Ходить ночью по улицам во время японской оккупации было делом исключительно опасным, и большинство старались быть дома, когда наступала темнота. Владыка, однако, не обращая никакого внимания на опасность, продолжал навещать больных и нуждающихся в любой час ночи, и его никогда не трогали.
По мере затухания военных действий стали все настойчивей предприниматься попытки убедить русское духовенство подчиниться новоизбранному Патриарху Русской Церкви. Из шести иерархов Дальнего Востока пять подчинились, и только епископ Иоанн, несмотря на все доводы и угрозы, остался верен Зарубежной Церкви. В 1946 году он был возведен в сан архиепископа; его епархию составляли все русские в Китае.
С приходом коммунистов к власти русские в Китае снова вынуждены были бежать, большинство – через Филиппинские острова. В 1949 году на острове Тубабао в лагере Международной организации беженцев проживало примерно пять тысяч русских из Китая. Остров находился на пути сезонных тайфунов, которые проносятся над этим сектором Тихого океана. И в течение всех двадцати семи месяцев существования лагеря ему только один раз угрожал тайфун, но и тогда он изменил курс и обошел остров стороной. Когда один русский в разговоре с филиппинцами упомянул о своем страхе перед тайфунами, те сказали, что причин для беспокойства нет, поскольку «ваш святой человек благословляет ваш лагерь каждую ночь со всех четырех сторон». Они имели в виду владыку Иоанна, ибо пока он был там, никакой тайфун острова не затрагивал. Когда же лагерь был почти эвакуирован, люди переселены в другие страны (главным образом – в США и Австралию) и на острове оставалось только около двухсот человек, страшный тайфун обрушился на него и полностью уничтожил лагерь.
Владыка сам ездил в Вашингтон, округ Колумбия, чтобы договориться о переселении русских в Америку. Американские законы были изменены, и почти весь лагерь перебрался в Новый Свет – снова благодаря Владыке.
III
По завершении исхода его паствы из Китая архиепископу Иоанну в 1951 году предоставляется новое поле пастырской деятельности: Синод епископов направляет его в Западноевропейскую архиепископскую епархию с кафедрой в Париже, а затем в Брюсселе. Теперь он становится одним из ведущих иерархов Русской Зарубежной Церкви и его присутствие часто требуется на заседаниях Собора в Нью-Йорке.
В Западной Европе Владыка проявляет глубокий интерес не только к русской диаспоре, для которой он без устали трудился, как и в Шанхае, но и к местному населению. Он принимает под свою юрисдикцию местную Голландскую и Французскую Православные Церкви, защищая и поддерживая их православное развитие. Теперь он служит Божественную литургию по-голландски и по-французски, как раньше служил по-гречески и по-китайски (и как позже должен будет служить на английском языке).
Владыка всегда интересовался святыми и почитал их, его знания о них казались безграничными. А теперь он обратился к западноевропейским святым, жившим до латинского раскола Церкви, многие из которых, являясь местночтимыми, не были включены ни в один православный календарь. Он собирал их жития и изображения, представив затем подробный перечень в Синод.