Изменения, происходившие в военной структуре Третьего рейха, затронули ВМС не только внешне (изменение названия и должности командующего), но и внутренне. Внутри ОКМ был создан ряд новых управлений и отделов, определенному перераспределению подверглись и прежние функции различных подразделений флотского руководства. Структурно организация ОКМ выглядела следующим образом (Приложение № 2
): во главе находился главнокомандующий флотом, который имел свой штаб, в составе начальника штаба (контр-адмирала) и пяти офицеров. Штабу главнокомандующего флотом подчинялись некоторые инстанции, такие, как морское управление печати, также в его юрисдикцию входили и морские атташе. В составе ОКМ находилось семь управлений (командования, вооружений, кораблестроительное и т. д.), шесть из которых подчинялись непосредственно главнокомандующему, а управление командования находилось в подчинении штаба руководства войной на море, который, в свою очередь, подчинялся лично Редеру. Управления подразделялись на различные отделы186.Собственно, военно-морской флот находился в подчинении главнокомандующего, а в оперативном отношении подчинялся штабу руководства войной на море. Руководство соединениями ВМФ осуществлял командующий флотом, в чьем непосредственном подчинении находились командующие линейными, разведывательными, подводными и другими силами флота. В тактическом отношении германский ВМФ представлял из себя единое целое и не делился на флоты Балтийского и Северного моря, как это было в Первую Мировую войну. В мирное время командование флотом, новые линкоры, все крейсера, торпедные крейсера и четыре флотилии подводных лодок базировались на Киль, три дивизиона эсминцев и одна флотилия миноносцев на Свинемюнде, тральщики и сторожевые корабли на Пиллау и о. Рюген, составляя силы Балтийского моря. В Северном море находились броненосные корабли, два дивизиона эсминцев, две флотилии миноносцев, две флотилии подводных лодок, учебный линкор и учебный крейсер с базированием на Вильгельмсгафен, два дивизиона эсминцев на Бремергафен и тральщики на Куксгафен. Кроме того, в составе германского флота находилось несколько соединений специального назначения, которые носили наименование инспекций (учебная, торпедная (испытания торпедного вооружения), связи (испытания средств связи), минная, артиллерийская и машинная), в чьем подчинении находились надводные и подводные корабли, используемые в соответствии с задачами, поставленными перед каждой конкретной инспекцией.
В конце 1938 г. произошли определенные изменения в системе командования на Балтийском море, был назначен адмирал — командующий морскими и сухопутными частями на Балтийском театре военных действий, данное назначение необходимо связывать с подготовкой к агрессии против Польши. Он подчинялся непосредственно главнокомандующему ВМС, однако в мирное время в его подчинении отсутствовали какие-либо соединения и части, в то время как во время войны он должен был исполнять функции главнокомандующего Балтийским ТВД187
.Руководство военно-морским флотом в военное время выглядело иначе. Для ведения действий на определенном ТВД создавались группы, по аналогии с группами армий в сухопутных войсках, командующему группой и штабу группы подчинялись командующие флотами данной группы, замыкавшие на себя управление конкретными соединениями кораблей и отдельными боевыми единицами. Кроме того, командующему группой подчинялись адмиралы, руководившие войной на отдельных направлениях, им, в свою очередь, подчинялись начальники районов, командиры баз и постоянных соединений, базирующихся в этом районе (например, сторожевые силы). Соединения флота подчинялись главкому ВМС лишь в «общих вопросах» ведения войны на море, а в так называемых территориальных вопросах подчинялись командующему соответствующего ТВД, в зависимости от места базирования188
.К 1939 г. окончательно оформилась структура подводного флота: командующий подводными силами К. Дёниц находился в подчинении главнокомандующего флотом, который, в свою очередь, подчинялся Редеру. Подводные силы рейха имели свой собственный штаб. Наличный состав подводных лодок делился на шесть флотилий. Некоторое количество подводных лодок находилось в распоряжении училища подводного плавания.
Важной составной частью системы управления ВМС нацистской Германии являлись военно-морские станции Остзи в Киле (Балтийское море) и Нордзи в Вильгельмсгафене (Северное море), в подчинении начальников станций находились посыльные и гидрографические корабли, а также суда для охраны рыболовства. В функции этих станций входили различные виды обороны (береговая, противовоздушная, охрана рыболовства и т. д.), кроме того, в их юрисдикцию входила служба наблюдения и связи на каждом море. Начальники станций подчинялись непосредственно Редеру.