Уже в мае 1965 года в связи с 20-й годовщиной победы в Отечественной войне нашей пропагандой все более настойчиво стала проводиться частичная реабилитация Сталина. Когда на торжественном юбилейном собрании Брежнев произнес имя Сталина, большая часть зала зааплодировала. Микоян отнюдь не возражал против подобного изменения акцентов в агитации и пропаганде. На партийном собрании того же завода «Красный пролетарий», где Микоян 14 мая 1965 года выступил с небольшой речью, ему были переданы две записки, которые он прочел. В одной из них было сказано: «Я видел по телевидению, какими аплодисментами были встречены слова Брежнева о Сталине. Как Вы к этому относитесь?» В другой говорилось: «Почему, вспоминая о Сталине как главе Государственного Комитета Обороны, Брежнев ничего не сказал о вине Сталина в наших поражениях в первые месяцы войны? Почему Брежнев не сказал, что перед войной было арестовано и уничтожено много тысяч коммунистов, что Сталин отверг предупреждение о готовившемся нападении Гитлера?»
Отвечая на эти записки, Микоян заявил: «Брежнев совершенно правильно сказал о Сталине. Сталин действительно возглавлял Государственный Комитет Обороны и осуществлял руководство по мобилизации отпора врагу, и здесь он играл выдающуюся роль. Это соответствует исторической правде. Что касается виновности Сталина, затронутой в записке, то ЦК, обсуждая доклад Брежнева, не счел целесообразным в юбилейную дату на торжественном собрании, посвященном победе над гитлеризмом, говорить о недостатках и просчетах Сталина. Сталин во время войны делал меньше ошибок, чем до войны и после войны с 1948 года, хотя у него и в это время были серьезные ошибки: разгром кадров, выселение народностей с Кавказа, «ленинградское дело». А в целом его вклад в обеспечение победы не следует умалять… жизнь – сложное дело. Люди меняются, они совершают ошибки, их много у каждого. Наша жизнь полна страстей. Придет время, они улягутся, все успокоится, займет место здравый смысл» (Запись сделана старыми большевиками И. П. Гавриловым и Е. П. Фроловым.).
Процедура ухода Микояна с поста главы государства была обставлена весьма торжественно. Произносились благодарственные речи. Микоян был награжден шестым орденом Ленина. Он остался при этом не только депутатом Верховного Совета от одного из округов Армении, но и членом Президиума Верховного Совета СССР. На XXIII съезде КПСС в 1966 году и на XXIV съезде в 1971 году Микоян избирался членом ЦК. Но он уже не входил в состав Политбюро.
Микоян в последние годы жизни
В последние годы своей жизни Микоян все меньше и меньше уделял внимания государственным делам. Он не искал встреч с Брежневым или Косыгиным, но ни разу не посетил также и Хрущева. В 1967 году Микоян проявил интерес к судьбе советского историка А. М. Некрича, исключенного из партии за книгу «1941. 22 июня». Она вышла в свет еще в 1965 году и была разрешена к изданию советской цензурой. Микоян попросил своих друзей дать ему для чтения книгу Некрича и некоторые материалы по его делу. Он выразил удивление, что Некрича исключили из партии, но не стал вмешиваться.
Хотя Микоян отошел от власти без конфликтов и оставался все еще членом ЦК КПСС и членом Президиума Верховного Совета СССР, его неожиданно лишили ряда привилегий. Особенно болезненным было для него распоряжение покинуть государственную дачу под Москвой. Это был большой дом, почти имение, в котором до революции жил богатый кавказский купец и где после революции Микоян прожил с семьей половину своей жизни. В несколько раз было сокращено и число людей, обслуживавших Микояна.
Еще во времена Хрущева все ответственные работники ЦК КПСС были «раскреплены» по различным первичным партийным организациям. Микоян встал на учет в партийной организации завода «Красный пролетарий». Микоян регулярно приходил на партийные собрания и конференции этого завода, иногда выступал с речами или отвечал на многочисленные записки. Нередко выступал с воспоминаниями в других организациях.