В Иерусалиме пролилась кровь первых мучеников — диакона Стефана (Д. VII) в 37-м году и апостола Иакова Праведного I-го Епископа Иерусалимского (Свидетельства Евсевия, церковного историка. книга II-ая, глава I-ая и историка Иосифа Флавия), Много других мучеников пострадало в эпоху зарождения христианства, ибо «в те дни (64–66 гг.) произошло великое гонение на Церковь в Иерусалиме и все, кроме апостолов, рассеялись по разным местам Иудеи и Самарии (Д. VIII-1), следуя предписанию: «когда же увидите Иерусалим окруженный войсками, тогда знайте, что приблизилось запущение его. Тогда находящиеся в Иудеи да бегут в горы и, кто в городе, да выходит из него» (Лука XXI, 20–21).
Согласно преданию, христиане сосредоточились в местечке Пэлла (Кхирбет Фагаль) на восточной стороне Иордана (т. е. в Трансиордании), в 29 км. к Югу от Генисаретского озера. Наличие в начале II-го века христианских общин в Трансиордании дает основание предполагать, что зарождению своему эти общины обязаны Иерусалимским беженцам.
Восстание иудеев Иерусалима против римского прокуратора Гесиуса Флора вызвало прибытие карательных экспедиций Веспасиана и, следом за ним, его сына Тита, который взял город приступом в 70-м году. Храм сгорел, город был разрушен. При Трояне город восстанавливается. Принимает мученический венец епископ Иерусалимский Симеон, распятый на кресте. Разыскиваются потомки рода Давидова, чтобы их уничтожить.
В 135-м году, при Адриане, после 2-го восстания иудеев, город вторично полностью разрушается. По милости Божией, которую христиане поняли лишь много позже, римляне, разрушив город, возвели на развалинах свои языческие храмы. Эти храмы построены были как раз над святыми для христиан местами: Голгофой, погребальной пещерой Спасителя. Таким образом эти места оказались предохраненными от осквернения в течение первых веков истории Церкви.
С воцарением Константина Великого (IV в), т. е. с воцарением свободы Церкви, христианский мир потянулся в Святой Град. Царица Елена, мать Константина, не смотря на свой возраст предпринимает путешествие и, прибыв на место, производит раскопки. Находится животворящий Крест Господень. На месте языческих храмов воздвигаются храмы Богу Живому. Прибывают паломники, создаются монастыри.
Монашество быстро стало процветать в Палестине. В IУ в. Св. Иларион Великий (ученик Св. Антония) основывает обитель близ гор. Газы. Св. Харитон Исповедник основывает лавру Фаран. В V-м веке в пределах патриархии подвизаются Св. Евфимий Великий, Св. Савва Освященный, Св. Феодосии Великий и др. В VI-м веке насчитывают до 130 монастырей и множество подвижников в пещерах. Их подвиги и поучения собраны были Св. Иоанном Моском в знаменитом «Луге Духовном».
Славится Патриархия и своими богословами, ревностными защитниками православия: Макарий Иерусалимский (313–333), Св. Максим III-й (330–380) Св. Кирилл (350–387). В городе Кесария славится богословская школа, основанная Оригеном.
IV-й Вселенский Собор постановляет возвести Иерусалимского епископа в сан Патриарха и определяет ему 5-ое место в ряду патриархов. Тогда как значение других патриархов вытекало из их географических и политических положений, Иерусалим обязан был своему значению причинам духовным — как город — Святых Мест.
С VII-го века начинаются бедствия, которые мы описали в первых трех главах (нашествия арабов и других). Монастыри и храмы разрушаются, сжигаются, оскверняются. Св. Модест, патриарх с 614 по 634 г., прославляется как реставратор христианских общин и храмов. Его заместитель, Св. Софроний 1-й (634–644), автор песнопения «Свете Тихий», проявляет себя главным борцом с ересью монофелитов. Кроме того, благодаря своей мудрости, он смог добиться особой оградительной грамоты от султана Омара. Грамота эта будет в течение веков подтверждаться султанами (в 1453-м году при патриархе Афанасии III-м, в 1517 году при патриархе Дорофее).
При владычестве мусульман кафедры часто вдовствуют, патриархи ограничиваются в правах передвижения (Св. Софроний) или изгоняются (патриарх Феодор).
В начале IX-го в. начались страшные гонения. Они возобновились во второй половине IX-го в. и достигли особой свирепости при халифе Аль Хакиме (996-1021). Арабов сменили в 1076-м году турки-сельджуки, и страдания христиан продолжались.
Крестовые походы (Иерусалим взят крестоносцами в 1099-м году) принесли свои испытания из-за стремления крестоносцев латинизировать христианский Восток.
Некоторое успокоение и мир христиане Иерусалимской Патриархии обрели в конце XII-го века с владычеством мамелюков. Саладин и его преемники утверждали права и власть Патриарха над Святыми Местами, но запрещали возводить новые храмы или монастыри.