Турки, завоевавшие Палестину в 1517-м году, признавали за православными и их патриархами ряд прав, но признания эти часто бывали лишь на бумаге. Так как в Иерусалим стекались паломники со всего мира, турецкие местные власти смотрели на Святые Места как на источник личного обогащения. На каждом шагу паломника с него взимали различные пошлины, Патриархия обкладывалась непомерно высокими налогами, к которым добавлялась необходимость задаривать чиновников, ради избежания «неприятностей» и даже преследований.
Мы видели, что из всех христианских европейских держав лишь Российская Империя болела душой за угнетенных православных Святых Мест и бескорыстно выступала в их защиту.
С XIX-го века православному Патриарху приходится отражать наступления католических и протестантских миссий, которые, располагая большими средствами, развивали прозелитизм среди христианского-православного населения, перетягивая его в свою орбиту.
Не смотря на все трудности, отметим, что с XVI-го по XX-й в. (т. е. с 1493 г. по 1897 г.) на патриаршем престоле перебывало всего 23 Патриарха. Учитывая смутность этих времен, столь незначительное количество предстоятелей свидетельствует о высоком уровне как всей Иерусалимской Церкви, так и ее предстоятелей.
Мы описали заботы Российской Империи о Ближнем Востоке и роль, которую сыграло с конца XIX-го века до 1-й Мировой Войны Российское Императорское Палестинское Общество. Отметим здесь влияние Иерусалимской Патриархии на Русскую церковную жизнь.
В 1619-м году Патриарх Феофан Иерусалимский посетил Россию для получения пожертвований для нужд Святой Земли. В русской Церкви, только что пережившей Смутное время, встал вопрос о необходимости пересмотреть тексты издаваемых ею Богослужебных книг. Надлежало исправить книги и удалить вкравшиеся в них ошибки и несуразности. К работе был привлечен архимандрит Троицко-Сергеев-ской Лавры, сподвижник Авраамия Палицына, Дионисий. Архимандрит Дионисий с сотрудниками, «безо всякий хитрости, сидели полтора года день и ночь» и с небывалой еще тщательностью проверили и исправили ряд книг. Особенно много серьезных ошибок было найдено в Типиконе изд. 1610-го года, подготовленном к печати Логгином Коровой. Логгин стал интриговать против исправителей, в результате чего все исправители были осуждены в июле 1618-го года.
Патриарх Феофан, прибыв в Россию, узнал обстоятельства дела, «подаде Дионисию руку помощи да вознесется правда его» и воздействовал на Царя и только что избранного Патриарха Филарета. 20-го Июля состоялся Собор при участии обоих Патриархов. Дело Дионисия было пересмотрено, выслушаны ответы Дионисия и в заключение оправдали его, выразив ему благодарность и наделив дарами. Оправдание Архимандрита Дионисия явилось «торжественным признанием неисправности богослужебных книг Русской Церкви и необходимости их исправить».
Как следствие этого признания, Патриарх Филарет просил Патриарха Феофана прислать ему ряд выписок из Требника восточных патриархий для сравнения с русскими изданиями. Просимые выписки пришли лишь в 1625-м году, и Патриарх Филарет принял к руководству все, указанное в выписках.
В 1679-м году Царь Феодор Алексеевич открыл в Москве «Славяно-греко-латинскую школу», которая должна была стать Богословским училищем. Совместно с Патриархом Иоакимом, Царь обратился к Восточным Патриархам с просьбой прислать в Москву учителей «в греческом и латинском диалекте и во всех свободных науках искусных». От Иерусалимского Патриарха Досифея в 1685-м году прибыли братья Лихуды, которые проявили себя искусными преподавателями и роль которых оказалась впоследствии первостепенной. Патриарх Досифей не только послал 2-х преподавателей, но все время следил за развитием русской Церкви, преподавая братские советы, призывая к примирению с Патриархом Никоном, предостерегая от латинского влияния, осуждая раскол, указывая на необходимость увеличить в России численность епископских кафедр и т. д.
В XIX-м веке мы знаем как Русская Православная Церковь, возмужавши, смогла в свою очередь оказать ряд больших услуг Патриархии через свою Миссию и Палестинское Общество.
В начале XX века, православные арабы начали кампанию за участие арабов в управлении дел Патриархии, каковое управление находилось целиком в руках греков. В декабре 1908-го г. вопрос настолько заострился, что чуть не привел к открытому возмущению. Патриарх Дамиан, со своей стороны, склонен был удовлетворить законные претензии арабов, но не мог этого сделать, встречая оппозицию в среде своего Синода и Патриархов Константинополя и Александрии.