На 22 июня 1941 года у курсантов школы были назначены спортивные соревнования в Реутовских лагерях, которым не суждено было состояться — в 6 утра они узнали о начавшейся Великой Отечественной войне. C 27 июня пограничный вуз переходит на новый режим функционирования — подготовку младших лейтенантов пограничной службы из новобранцев в течение нескольких месяцев. Большинство офицеров последнего довоенного выпуска стали основой для создания отрядов по борьбе с диверсионными и десантными группами противника в прифронтовой полосе, остальные отправлены командовать подразделениями, задачей которых была оборона пути к Москве. В октябре 1941-го учебное заведение было эвакуировано в город Муром — курсанты преодолели путь до нового места дислокации пешим ходом. В ноябре 1943 года Высшая школа погранвойск отмечала двадцатилетие, к этому событию было приурочено награждение орденом Красного Знамени. В 1944 году весь преподавательский и руководящий состав возвращается в Москву и вновь приступает к подготовке высококвалифицированных офицеров-пограничников. В 1946 году Высшая офицерская школа НКВД переформируется в Военный институт МВД орденов Ленина и Красного Знамени, таким образом став первым пограничным институтом, готовящим офицеров с высшим образованием. Первый набор курсантов произведен в октябре — 184 офицера, успешно сдавших вступительные экзамены. На базе ВУЗа ведется беспрецедентная научная работа по обобщению опыта погранслужб стран — участниц Второй мировой и созданию новых теорий в деле организации пограничного контроля. В 1949 году здесь проходит первая научно-практическая конференция, посвященная деятельности пограничников в период ВОВ. Налажен выпуск методической литературы, многие офицеры защищают диссертации и получают ученые степени.
В 1960 году институт закрывают, а на его базе создают военный, а впоследствии пограничный факультет Высшей школы КГБ. В 1965 году факультет преобразуется в Высшие пограничные командные курсы. Учебное заведение существовало именно в таком виде до 1990 года, когда было преобразовано во Всесоюзный институт повышения квалификации офицерского состава погранвойск, а уже в 1992 году Президент РФ подписал указ o создании Академии пограничных войск. До 2003 года работа главного пограничного вуза шла своим чередом, вплоть до момента расформирования ФПС и передачи функций контроля охраны государственных границ ведомству ФСБ. В этот год Академия ФПС переименовывается в Пограничную академию ФСБ РФ, параллельно отмечая восьмидесятилетие.
В столице России располагается еще один вуз, готовящий офицеров и прапорщиков для погранвойск ФСБ, — это Московский военный пограничный институт ФСБ РФ. Отбор кандидатов на обучение также осуществляется органами федеральной службы безопасности на местах, курсанты обучаются ремеслу пограничника в течение 5 лет. Датой образования института принято считать 14 февраля 1932 года, когда была сформирована III школа пограничной охраны ОГПУ, в конце десятилетия переименованная в Московское военно-техническое училище НКВД им. Менжинского. Курс состоял из 250 слушателей, первый выпуск состоялся в 1935 году.
Калининградский пограничный институт ФСБ России был открыт в 1996 году на технической базе передислоцированного училища инженерных войск. Первый набор курсантов производился на четыре факультета — командный, инженерный, вооружения, внутренних войск Министерства внутренних дел. Сегодня в состав вуза входят три факультета. На факультете радиотехники функционируют кафедры радиотелемеханики и электромеханики — здесь готовят инженеров (лейтенант) и техников (прапорщик) для погранвойск. Специалистов по обслуживанию и ремонту вычислительной техники готовят на факультете автомеханики. На командном факультете курсантов готовят по программам юристов в пограничной службе и командиров боевых соединений. Каждое лето для абитуриентов организуются полевые сборы, где выпускники средних школ привыкают к условиям жизни пограничника, учатся самостоятельно готовить блюда из консервов, определяются со своими стремлениями — стоит ли вообще поступать в военный вуз.
На базе Курганского пограничного института ФСБ РФ готовят офицеров с высшим юридическим образованием по следующим специализациям: оперативная работа на границе, пограничный контроль, командование боевыми единицами погранвойск, управление деятельностью подразделений специального назначения ФСБ РФ. Срок обучения курсантов на очном отделении — 5 лет, по истечении которых выдается военный диплом, в день выпуска присваивается звание лейтенанта. Также предусмотрено трехлетнее обучение с последующим присвоением звания прапорщика.