Нередко в адрес органов СМЕРШа раздается критика в связи с проводившейся ими фильтрационной работой. В 1941 году И.В. Сталин подписал постановление ГКО СССР о государственной проверке (фильтрации) военнослужащих Красной армии, бывших в плену или в окружении войск противника. Аналогичная процедура осуществлялась и в отношении оперативного состава органов госбезопасности. Фильтрация военнослужащих предусматривала выявление среди них изменников, шпионов и дезертиров. Постановлением СНК от 6 января 1945 года при штабах фронтов начали функционировать отделы по делам репатриации, в работе которых принимали участие сотрудники органов СМЕРШа.
Создавались сборно-пересыльные пункты для приема и проверки советских граждан, освобожденных Красной армией. Фильтрационная работа требовала от сотрудников СМЕРШа не только высочайшего профессионализма, но и большой выдержки, такта, особенно сложно было ее вести среди бывших командиров и бойцов Красной армии. Допросы смершевцев казались им оскорбительными и несправедливыми.
В одной из бесед ветеран военной контрразведки полковник Леонтий Иванович Козловцев, проработавший в системе 2-го отдела ГУКР СМЕРШ НКО СССР назвал работу его подразделения «большим ситом» военной контрразведки. Он высоко отозвался о своем начальнике полковнике Сергее Николаевиче Карташове, доброта и требовательность к подчиненным, феноменальная память и невероятная работоспособность которого многих поражала и заряжала энергией работать еще лучше, еще активнее. Карташов, по сути дела, являлся своеобразным аккумулятором оперативной мысли, образно подчеркивал Леонтий Иванович.
Это было время, когда стремительно воплощался в жизнь призыв руководителя абвера адмирала Канариса:
«…Чтобы выиграть войну, теперь нужны не только танки, пушки, самолеты. Необходимо расшатать советский тыл, максимально ослабить боеспособность их войск. Для этого мы должны завалить противника и в тылу, и на фронте тысячами шпионов и диверсантов, террористов, агитаторов, паникеров и подстрекателей, возмутителей малых народов и народностей, мы должны взорвать их тыл, проникнуть в штабы воинских частей, оперативное руководство войсками, военную промышленность, государственный аппарат».
Вот уж действительно, стоит где-нибудь воздвигнуть храм Господу Богу, как дьявол строит рядышком свою часовню — и самая многолюдная паства оказывается у него. Особенно это было в начале войны — в концлагерях, где содержались советские военнопленные. Этим дьяволом был абвер, готовивший свою паству из духовно опустошенных или лютых ненавистников Отчизны.
2-й отдел ГУКР СМЕРШ — это был основной генератор оперативно-разыскной и следственной работы по фильтрации военнопленных вражеских армий, находящихся в лагерях на территории СССР, в ходе и по окончании Великой Отечественной войны. В начальный период войны, когда тыл быстро превращался в передовую, личному составу особых отделов НКВД приходилось серьезно заниматься и вышедшими из окружения нашими военнослужащими, и бежавшими из фашистского плена. Этот канал проникновения на нашу территорию активно использовали абвер и «Цеппелин», гестапо и другие подразделения РСХА.
Объем работы, проделанной военной контрразведкой, трудно даже себе представить — по масштабам и размаху задействованных сил и средств.
В начале войны руководство НКВД, как и страны, предполагало, что враг скоро будет разбит «непобедимой и легендарной» и возникнет необходимость в содержании большого количества военнопленных вермахта и союзнических с ним армий.
Нарком внутренних дел Л.П. Берия докладывал Сталину о необходимости разворачивания более тридцати приемных пунктов для военнопленных. Но с учетом неудач на фронтах в первые месяцы войны и неожиданно широкого и глубокого отступления Красной армии было создано всего лишь девятнадцать таких лагерей, да и те пустовали, а если и заполнялись, то советскими военнопленными, так как все больше и больше территории нашей страны захватывались противником. Вот такой парадокс вышел в истории первых месяцев войны.
Группа армий «Центр» с «танковым королем» Гудерианом и другими броневыми стратегами, взламывая наши оборонительные редуты, стремительно приближалась к Москве. Но уже наступившая осень 1941 года отрезвила оккупантов и заставила немецко-фашистское командование торопиться, чтобы до дождей и холодов реализовать цели, поставленные планом «Барбаросса». Главный удар по-прежнему был нацелен на советскую столицу, решающая фаза которого имела кодовое название «Тайфун». Берлин считал, что взятием Москвы всему миру будет продемонстрирован триумф стратегии «молниеносной войны» и неотразимость германского оружия. Но блицкрига не получилось. Наши доблестные воины и труженики тыла в невероятно трудных условиях отстояли столицу. Красная армия погнала непрошенных, наглых гостей на Запад. Это была первая ласточка нашей будущей Великой Победы.