Японский флот почти не пытался помешать проведению операции «Флинтлок», и в связи с этим подводные лодки вели разведку, занимая позиции на подходах к базе Трук с севера, востока и юга. Их тактическое расположение соответствовало схеме операции. Главные силы 2-го японского флота в этом районе не появлялись. Здесь находилось лишь несколько кораблей, причем один из них, японский эскадренный миноносец «Судзукадзэ», был обнаружен и торпедирован в ночь на 26 января подводной лодкой «Скип-джек». А шесть дней спустя лодка «Гардфиш» уничтожила южнее островов Трук эскадренный миноносец «Умикадзэ». Уничтожение этих эскадренных миноносцев проводилось по инструкции командующего подводными силами Тихоокеанского флота, в которой говорилось:
«Главной задачей всех подводных лодок является атака, за исключением того случая, когда встречается крупное оперативное соединение противника, двигающееся по направлению к месту осуществления операции «Флинтлок», причем об этих силах ранее ничего не было известно. В таком случае главной задачей подводной лодки, первой встретившей противника, является передача донесения о его появлении и уже затем — атака».
Подобные указания содержались во всех приказах подводным лодкам, поддерживавшим действия надводного флота. Многие командиры лодок считали, что требование «доносить о замеченном противнике до начала атаки» снижает шансы на успешное поражение цери, так как для того, чтобы передать донесение по радио, лодка должна всплыть на поверхность. В любом случае это вызывает задержку и увеличивает вероятность обнаружения подводной лодки. Однако своевременное получение донесения о появлении противника предупреждало возможность его неожиданной атаки при проведении десантных операций, что было гораздо важнее самостоятельных действий одиночных подводных лодок.
У подводных лодок «Сиил», «Санфиш» и «Сирэйвен», крейсировавших с разведывательной целью близ Понапе, Кусайе и атолла Эниветок и имевших дополнительную задачу по оказанию помощи терпящим бедствие летчикам во время воздушных налетов на эти острова, было гораздо меньше работы, чем у лодок, действовавших в районе островов Трук. Операция «Флинтлок» была завершена очень быстро. Три лодки успешно выполнили задание по фоторазведке. В период между 17 ноября и 15 декабря 1943 года подводная лодка «Сиил» разведала 88 островов из 96 островов группы Кваджелейн и провела фотосъемку 56 из них. В течение недели с 23 по 31 января подводная лодка «Санфиш» сфотографировала атолл Таонджи и остров Кусайе. В течение этого же времени подводная лодка «Сирэйвен» провела разведывательную фотосъемку атолла Эниветок. Таким образом, нанося свой удар, командующий 5-м флотом имел в своем распоряжении исчерпывающие разведывательные данные, добытые подводными лодками.
В то время как в Пирл-Харборе планировалась операция «Флинтлок», был также составлен план операции «Хейлстоун», то есть первого налета авиации, базирующейся на авианосцах, на острова Трук. Этот налет первоначально намечался на 15 апреля.
Острова Трук являлись сильнейшим форпостом противника на Тихом океане. База хорошо охранялась с воздуха. Воздушные силы японцев, расположенные па острове Понапе и, возможно, на острове Кусайе, надежно охраняли подходы к базе с востока. Трудно было надеяться на то, что столь крупному соединению, каким было 58-е оперативное соединение американского флота, удастся подойти сюда незамеченным.
Поэтому план операции «Хейлстоун» был составлен исходя из того, что 58-е соединение все же будет обнаружено и авианосцам и самолетам придется вести боевые действия, преодолевая сопротивление авиации, базирующейся на островах. Предполагалось, что японские военные корабли и торговые суда, находящиеся в базе Трук, попытаются скрыться в направлении на запад к островам Палау, на северо-запад к Марианским островам или на юг в Рабаул или Кавиенг.
В соответствии с этим подводные лодки, выделенные для участия в операции «Хейлстоун», должны были перерезать пути отхода японских кораблей. Командующий подводными силами Тихоокеанского флота представил примерный план поддержки флота подводными лодками во время операции «Хейлстоун». Этот план получил одобрение командующего военно-морскими силами США на Тихом океане и командующего 5-м американским флотом. Это было еще до начала операции по захвату Маршалловых островов.