31.12.1941 г. Императорская ставка утвердила "Дополнительную программу", в соответствии с которой планировали построить 47 лодок. Из них семь (I-54, I-56, I-58, I-62, I-64, I-65
и I-66) являлись крейсерскими типа B3, пять (I-52, I-53, I-55, I-57 и I-59) ПЛ нападения (атаки) типа С3, четыре (I-12, I-13, I-14 и I-15) — лодками управления (ретрансляторами) типа А2, три (I-351, I-352 и I-353) — лодками поддержки авиации типа SH и 30 (с Ro-35 по Ro-55 и с Ro-70 по Ro-78) — средними типа K6. Наибольший интерес представляли ПЛ управления типа А2. По конструкции они полностью повторяли штабные корабли типа А1, но имели менее мощные главные механизмы, большую автономность и соответствующие приборы связи. Когда выяснилось, что ПЛ могут управляться только с береговых командных пунктов, потребность в данных кораблях отпала и по первоначальному проекту достроили только I-12. Три других корабля в конце 1942 г. (еще до момента закладки) решили переоборудовать в авианосцы типа АМ, предназначенные для атаки побережья США при помощи высокоскоростных бомбардировщиков. ПЛ поддержки авиации предназначались для обеспечения летающих лодок топливом и боеприпасами на большом удалении от их баз (аэродромов). Из кораблей, заказаннных по "Допопнительной программе", до момента капитуляции Японии удалось ввести в строй только 29 (три — типа СЗ, три — типа B3, одна — типа А1, два — типа АМ, два — типа SH и 18 — типа K6).В середине марта 1942 г. МГШ в рамках "Пятой программы по замене кораблей" 1942 г. предложил Императорской ставке построить 55 лодок различных типов. Из них с № 5141
по № 5180 являлись ПЛ нападения (атаки) типов C3 и С4, № 730, № 731 и № 732 ПЛ поддержки авиации типа SH, с № 700 и № 701 штабными типа А1, I-400 (№ 714) — подводным авианосцем типа STo и с № 715 по № 723 — средними ПЛ типа K6. Среди этих кораблей оригинальностью конструкции выделялась I-400. Она являлась самой большой лодкой периода Второй Мировой войны и предназначалась (как и тип AM) для атаки побережья США при помощи высокоскоростных бомбардировщиков. Главной ее конструктивной особенностью являлся прочный корпус, представляющий собой горизонтально положенную восьмерку. Остальные ПЛ так или иначе повторяли уже отработанные проекты. 3аказы на них МГШ аннулировал в 1943-44 гг., отдав приоритет строительству транспортных и высокоскоростных ПЛ. Встрой вошла лишь одна I-400. Аналогичная судьба постигла корабли переработанной "Пятой программы по замене кораблей" 1942 г., принятой Парламентом после поражения в сражении за атолл Мидуэй.