В ноябре 1942 г. Императорская ставка утвердила "Дополнительную программу", которая предусматривала постройку 11 транспортных лодок типа D1
. Эти корабли интересны прежде всего тем, что впервые в японском флоте не имели торпедного вооружения и предназначались исключительно для транспортировки грузов и обеспечения деятельности разведывательно-диверсионных подразделений. В марте 1943 г. МГШ аннулировал заказы на корабли, имевшие на тот момент готовность менее 40 %. Одновременно Императорская ставка приняла "Военную программу" 1943–1944 гг. Она предусматривала постройку исключительно транспортных и высокоскоростных лодок. К первым относились шесть кораблей типов D1, D2 и 12 типа SS. Ко вторым — крейсерские типа ST и корабли прибрежного действия типа STS. Создание последних требовало колоссальных материальных затрат и длителных научных исследований. Огромную помощь в решении проблемы оказали немцы, передавшие на I-8 техническую документацию по лодкам Вальтера и ХХI-й серии. Несмотря на усилия МТД и настойчивые требования Императорской ставки, до конца войны флоту удалось передать только три корабля типа SТ (I-201, I-202 и I-203) и девять типа STS (с Ha-201 по Ha-205 и с Ha-207 по Ha-210). Все они участия в боевых действиях не принимали. Иначе обстояло дело с транспортными лодками. Большие потери в торговых судах поставили экономику Японии на грань катастрофы. Прежде всего, не хватало топлива и продуктов питания, что заставило один из кораблей типа D1 (I-372) и все типа D2 переоборудовать в ТН для трансортировки в Метрополию нефти из Сингапура. Эти большие корабли сложной конструкции принимали на борт до 350 т сырой нефти. Они долго строились, были сложны в эксплуатации, не могли близко подходить к побережью и скрытно выгружать грузы (для чего собственно изначально и создавались). Не случайно их постепенно переоборудовали в носители человекоуправляемых торпед. Альтернативой большим транспортным ПЛ стали корабли типа SS, постройка которых, в ходе войны на Тихом океане, стала одним из самых удачных решений МГШ. Из 12 заложенных кораблей данного типа, в строй ввели только 10. Они совершили девять грузовых рейсов и при этом не имели потерь, что для японского флота в 1945 г. являлось большим достижением. Данные лодки имели небольшие размеры, хорошо продуманную и простую конструкцию, устройство работы дизеля под водой "шнорхель" и достаточную автономность.