(до мая 1942 г. заказ № 377) Без приемных испытаний I-47 включили в состав 15-го ДПЛ Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. 3.11.1944 г. ПЛ передали в распоряжение командира 101-го Особого диверсионно-разведывательного отряда и 5.11.1944 г. она пришла в Токуяма. 8.11.1944 г. I-47 (капитан-лейтенант Орита) вышла из Токуяма и направилась к атоллу Улити, имея на борту четыре человекоуправляемые торпеды (миссия "Кикусуй", по другим данным "Кикумидзу"). 20.11.1944 г. ПЛ выпустила все свои человекоуправляемые торпеды. Одна из них (ведомая лейтенантом Нисина) потопила большой флотский ТН Mississinewa (11316 т), на борту которого находилось 400000 галлонов газа. Весь экипаж судна (52 человека) погиб. Другая человекоуправляемая торпеда была потоплена американскими ЭМ Rall и Holoran при попытке атаковать КР Mobile. Патрульные самолеты в лагуне Улити уничтожили еще одну торпеду, а четвертая пропала без вести. 1.12.1944 г. I-47 возвратилась в Куре. 30.12.1944 г. ПЛ (капитан-лейтенант Орита) вышла из Токуяма и направилась к заливу Гумбольдта (о-ва Холландия), имея на борту четыре человекоуправляемые торпеды (миссия "Конго"). 11.01.1945 г. она выпустила свои человекоуправляемые торпеды для атаки боевых кораблей противника. Одной из них удалось незначительно повредить американский войсковой ТР Pontus Н. Ross (7247 т). 26.01.1945 г. I-47 возвратилась в Куре, где на верфи флота демонтировали 140-мм орудие, установили РЛС тип 3 мод. 2 модиф. 2, оборудование для транспортировки и боевого обслуживания двух человекоуправляемых торпед (доведя их общее число до шести). 29.03.1945 г. ПЛ вышла из Токуяма и направилась к о. Окинава, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Татаре"). 3.04.1945 г. на подходах к о. Тонега она была повреждена глубинными бомбами, сброшенными американским ЭМ. Корабль всплыл в надводное положение и в этот момент был атакован американским палубным штурмовиком, который сбросил несколько фугасных бомб. В результате у I-47 оказались поврежденными топливные цистерны и две (из шести) человекоуправляемые торпеды. 5.04.1945 г. ПЛ выгрузила в Токуяма человекоуправляемые торпеды и 6.04.1945 г. пришла в Куре. 12.04.1945 г. корабль (капитан-лейтенант Орита) направился в район к югу от о. Окинава, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Тембу", по другим данным "Аматаке"). 1.05.1945 г. он безрезультатно атаковал обычными торпедами союзный конвой. 2.05.1945 г. на подходах к о. Окинава I-47 четырьмя человекоуправляемыми торпедами (две оставшиеся не могли быть использованы по техническим причинам) атаковала другой конвой. Торпеды результатов не добились. 9.05.1945 г. ПЛ возвратилась в Куре. 18 07.1945 г. корабль (капитан-лейтенант Судзуки) вышел из Куре и направился в район к югу от о. Окинава, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед. 22.07.1945 г. на подходах к о. Окинава I-47 безрезультатно атаковала обычными торпедами американский войсковой ТР. В результате контратаки со стороны кораблей охранения лодка получила повреждения системы погружения и всплытия. 28.07.1945 г. она пришла в Куре. В декабре 1945 г. корабль перешел в Сасебо, где его полностью разоружили. 1.04.1946 г. I-47 затопили у о. Гото (32° 37′ N; 129° 17′ Ost), предварительно взорвав главные механизмы.
ПЛ I-46
типа C2 после вcтупления в строй
ПЛ I-47
по состоянию на март 1945 г.
I-48
(до мая 1942 г. заказ № 378) Без приемных испытаний I-48 включили в состав 15-го ДПЛ Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. 3.11.1944 г. ПЛ передали в распоряжение командира 101-го Особого диверсионно-разведывательного отряда и 9.11.1944 г. она пришла в Токуяма, где демонтировали 140-мм орудие и смонтировали оборудование для транспортировки и боевого использования четырех человекоуправляемых торпед. 5.01.1945 г. корабль направился к атоллу Улити, имея на борту четыре человекоуправляемые торпеды (миссия "Конго"). 23.01.1945 г. в 25 милях к северу от о. Яп I-48 обнаружили и потопили глубинными бомбами американские эскортные миноносцы Conklin, Corbesier и Raby. Данные о том, использовала ли ПЛ свои человекоуправляемые торпеды, отсутствуют.