(до мая 1942 г. заказ № 629) Без приемных испытаний I-58 включили в состав 15-го ДПЛ Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. 23.09.1944 г. ПЛ передали в распоряжение командира 101-го Особого диверсионно- разведывательного отряда. С 1.10 по 4.12.1944 г. на подходах к Токуяма на корабле проводились опыты по транспортировке (за ограждением рубки, на месте 140-мм орудия) двух амфибийных машин. В декабре 1944 г. I-58 пришла в Куре, где на верфи флота с января по февраль 1945 г. демонтировали ангар для хранения ГСМ, пневматическую катапульту, часть компрессоров, 140-мм орудие, установили оборудование для транспортировки и боевого использования шести человекоуправляемых торпед, до четырех (2×2) увеличили число 25-мм зенитных автоматов, устройство работы дизелей под водой ("шнорхель") 1.03.1945 г. ПЛ (капитан 3 ранга Хасимото) вышла из Токуяма и направилась к о-вам Рюкю, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Чимбу", по другим данным "Камитаке"). 6.03.1945 г. она подошла к о. Ива Дзима, но использовать свои человекоуправляемые торпеды не смогла из-за противодействия со стороны противника. 7.03.1945 г. I-58 всплыла в надводное положение, приступила к подзарядке АБ и подготовке человекауправляемых торпед к боевому использованию. В этот момент ей приказали прекратить операцию и следовать к о. Окиносима. 11.03.1945 г. ПЛ подошла к острову, сбросила в воду человекоуправляемые торпеды и приступила к наведению "камикадзе" на боевые корабли противника. Благодаря ей, японским самолетам базовой авиации удалось повредить американский АВ Randolph. 16.03.1945 г. I-58 возвратилась в Куре. 3.04.1945 г. ПЛ (капитан 3 ранга Хасимото) вышла из Токуяма и направилась к о. Окинава, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Татаре"), на подходах к острову ей надлежало присоединиться к группе кораблей во главе с ЛК Ямато. 29.04.1945 г. корабль возвратился в Куре, не выполнив поставленной задачи из-за противодействия со стороны противника. 18.07.1945 г. I-58 (капитан 3 ранга Хасимото) вышла из Куре и направилась в район между о-вами Окинава и Филиппинами, имея на борту шесть человекауправляемых торпед (миссия "Тамон"). 27.07.1945 г. ПЛ атаковала союзный КОН двумя человекауправляемыми торпедами, которым удалось повредить ЭМ Lowry (19° 30′ N: 128° 00′ Ost) из состава его охранения. 30.07.1945 г. корабль между о-вами Тиниан и Сайпан обнаружил американский ТКР Indianapolis, который доставил на Тиниан самую тяжелую часть атомной бомбы, предназначавшейся для Хиросимы. Командир I-58 ошибочно классифицировал его как ЛК типа New Мехiсо. ПЛ выпустила по крейсеру шесть обычных торпед и добилась двух попаданий Indianapolis затонул (12° 02′ N; 134° 48′ Osl) в течении 15 минут, не успев дать сигнал бедствия. Спустя три дня американцы спасли только 316 членов его экипажа из 1199 человек. 12.08.1945 г. между о-вами Лейте и Окинава I-58 безуспешно атаковала двумя человекоуправляемыми торпедами американский десантный корабль Oakhill, шедший в охранении эскортного миноносца Thomas F. Nickel. 19.08.1945 г. ПЛ возвратилась в Куре. В декабре 1945 г. корабль перешел в Сасебо, где его полностью разоружили. 1.04.1946 г. I-58 затопили у о. Гото (32° 37′ N; 129° 17′ Ost), предварительно взорвав главные механизмы.
Б.3. Штабные, управления, подводные авианосцы и поддержки авиации