(до мая 1942 г. заказ № 374) Без приемных испытаний I-44 включили в состав 15-го ДПЛ Первой эскадры Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. 2.05.1944 г. корабль вышел из Куре и направился в район к северу от о-вов Адмиралтейства для ведения разведки в интересах командующего Объединенным Флотом. 19.05.1944 г. I-44 получила приказ следовать в район к северо-западу от о. Новая Ирландия и 2.06.1944 г. она пришла на атолл Трук. 25.07.1944 г. ПЛ направилась к Марианским о-вам для борьбы с судоходством противника. 30.08.1944 г. корабль возвратился в Метрополию. С 1-го по 30.09.1944 г. в Йокосуке на верфи флота установили РЛС тип 3 мод. 3 модиф.1 и тип 3 мод. 2 модиф. 2, демонтировали ангар для хранения ГСМ, пневматическую катапульту, часть компрессоров. 11.10.1944 г. I-44 направилась в район к востоку от о-вов Палау для противодействия наступлению противника в центральной части Тихorо океана. 11.11.1944 г. ПЛ пришла в Сасебо, rдe на верфи флота демонтировали 140-мм орудие, установили оборудование, необходимое для транспортировки и боевого использования шести человекоуправляемых торпед и устройство работы дизеля под водой ("шнорхель"). Кроме того, закамуфлировали надстройки и ограждение рубки. 24.11.1944 г. корабль включили в состав группы "Конго", 23.02.1945 г. он вышел из Токуяма и направился к о. Иво Дзима, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Конго"). 27.02.1945 г. I-44 вышла на исходную позицию, но выпустить человекоуправляемыеторпеды не смогла из-за противодействия противника, до 1.03.1945 г. оставалась под водой (до предела физических возможностей экипажа) и затем, не выполнив поставленной задачи, направилась в базу. 9.03.1945 г. ПЛ пришла в Токуяма, где ее командира капитана-лейтенанта Генбеи Кавагучи отстранили от должности и отдали под суд военного трибунала за пассивность в ходе выполнения боевой операции. 29.03.1945 г. корабль вышел из Токуяма и направился в район к югу от о. Окинава, имея на борту шесть человекоуправляемых торпед (миссия "Татаре"). 10.04.1945 г. на подходах к Окинаве его в подводном положении обнаружил и потопил американский эскортный миноносец Fieberling. По данным D. Саrреntеr и N. Polmar ("SuЬmаrinеs of the Imperial Jараnеsе Navy") I-44 была потоплена 29.04.1945 г. самолетами с американского эскортного АВ Tulagi, что может быть подвергнуто сомнению, принимая во внимание дату выхода ПЛ из базы и сроки выполнения поставленной перед ней задачи.
I-45
(до мая 1942 г. заказ № 375) Без приемных испытаний I-45 включили в состав Одиннадцатой эскадры Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. С 4-го по 16.02.1944 г. корабль перешел на атолл Трук. 28.02.1944 г. его включили в состав Специального Транспортного соединения, призванного доставлять снабжение островным гарнизонам в центральной части Тихого океана. 15.03.1944 г. I-45 пришла в Йокосуку, где на верфи флота установили РЛС тип 3 мод. 3 модиф. 1 и тип 3 мод. 2 модиф. 2, демонтировали пневматическую катапульту, часть вспомогательного оборудования и вооружения (два компрессора ВВД воздушные калориферы, стеллажи для запасных торпед с устройствами перезарядки ТА и 140-мм орудие), до шести (3×2) 25-мм увеличили число зенитных автоматов. 20.07.1944 г. ПЛ направилась к о. Гуам, имея на борту амфибийный танк (на палубе надстройки позади ограждения рубки) и 25 т разпичных боеприпасов (внутри прочного корпуса). 26.07.1945 г. корабль возвратился в Йокосуку, так как танк был смыт за борт во время шторма. С 31.07 по 21.08.1945 г. I-45 доставила на о. Науру (12.08.1945 г.) 45 т продуктов питания (в ангаре ГСМ, в металлических контейнерах на палубе надстройки и прочном корпусе). Ввиду складывающейся военной обстановки, в сентябре 1944 г. в Йокосуке на верфи флота вновь установили стеллажи для запасных торпед с устройствами перезарядки ТА. 6.10.1944 г. ПЛ вышла из Йокосуки и направилась в район к востоку от Филиппинских о-вов для борьбы с судоходством противника. 28.10.1944 г. I-45 (капитан-лейтенант Кавасима) в 100 милях к востоку от о. Лейте атаковала американское соединение АВ. Из шести выпущенных торпед одна попала в эскортный миноносец Eversole, который разломился и затонул (10° 10′ N; 127° 29′ Ost). Корабли охранения АВ начали преследовать ПЛ, но она благополучно уклонилась и продолжила патрулирование. Расширяя зону поиска, американцы вскоре потопили I-26, находившуюся в этом же районе. 29.10.1944 г. в 120 милях к востоку от пролива Суригао I-45 обнаружил и глубинными бомбами потопил американский ЭМ Whitehurst.