(до мая 1942 г. заказ № 371) Без приемных испытаний I-41 включили в состав 15-го ДПЛ Первой эскадры Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. С 31.12.1943 г. по 14.01.1944 г. корабль перешел на атолл Трук, где продолжил боевую подготовку. 18.02.1944 г. ПЛ направилась к атоллу Мили, имея на борту 20 т продовольствия (в ангаре ГСМ и металлических контейнерах на палубе надстройки) и 40 т 25-мм патронов (внутри прочного корпуса, вместо боезапаса для 140-мм орудия и части запасных торпед). 21.02 1944 г. I-41 возвратилась на атолл Трук из-за потери контейнеров, которые смыло за борт во время шторма. С 25.02 по 4.03.1944 г. ПЛ доставила на атолл Мили (29.02.1944 г.) 20 т продуктов питания и 40 т боеприпасов для 25-мм зенитных автоматов. С 13.05 по 11.06.1944 г. корабль патрулировал в районе между Рабаулом и о-вами Адмиралтейства, ведя разведку в интересах командующего Объединенным Флотом. 15.06.1944 г. он направился к Марианским о-вам для борьбы с судоходством противника. 20.06.1944 г. I-41 получила приказ следовать к о. Гуам для спасения экипажей сбитых самолетов базовой авиации. Эту задачу она выполнить не смогла, из-за противодействия со стороны надводных кораблей противника, и направилась к о. Сайпан, с которого 9.07.1944 г. сняла 106 офицеров штаба Шестого флота. 18.07.1944 г. ПЛ пришла в Йокосуку. 6.10.1944 г. I-41 направилась в район к востоку от Филиппинских о-вов для борьбы с судоходством противника. 3.11.1944 г. она атаковала соединение АВ и торпедой тяжело повредила американский ЛКР Reno (13° 46′ N; 131° 27′ Ost), который утратил боеспособность и направился к атоллу Улити в охранении трех ЭМ. 18.11.1944 г. к востоку от о. Самар ПЛ в надводном положении обнаружил самолет с американского эскортного АВ Anzio. Подошедший американский эскортный миноносец Lawrence С. Тауlоr потопил ее глубинными бомбами (по данным гидроакустической станции).
ПЛ I-40
типа B2 после вступления в строй
I-42
(до мая 1942 г. заказ № 372) Без приемных испытаний I-42 включили в состав Одиннадцатой эскадры Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. С 29.01 по 11.02.1944 г. корабль перешел на атолл Трук, где продолжил боевую подготовку. 17.02.1944 г. ПЛ направилась в центральную часть Тихого океана для борьбы с судоходством противника. 23.03.1944 г. в шести милях к юго-востоку от Ангаура (о-ва Палау) I-42 была обнаружена в надводном положении (с помощью РЛС) и потоплена двумя торпедами американской ПЛ Тunny.
I-43
(до мая 1942 г. заказ № 373) Без приемных испытаний I-43 включили в состав Одиннадцатой эскадры Шестого флота, и она приступила к боевой подготовке во Внутреннем японском море. С 31.12.1943 г. по 14.01.1944 г. корабль перешел на атолл Трук, а с 16-го по 21.01.1944 г. — на о. Сайпан, где приступил к тренировкам по транспортировке и высадке 101-го Особго отряда морской пехоты. 11.02.1944 г. I-43 направилась в Рабаул, имея на борту 70 морских пехотинцев. 15.02.1944 г. в 280 милях к востоку от о. Гуам ее обнаружила и потопила американская ПЛ Aspro.