24.03.1941 г. Кисо вошел в состав 5-й ДКР. С 3-го по 19.04.1941 г. он совершил в рамках боевой подготовки поход к о-вам Палау (с 8-го по 12.04.1941 г.). В конце апреля 1941 г. корабль передали в распоряжение Инженерной школы в Майдзуру. 25.07.1941 г. Кисо вошел в состав 21-й ДКР Пятого флота. С 24-го по 30.07.1941 г. в Йокосуке на верфи флота провели доковый ремонт, нанесли камуфляжную окраску, и затем корабль перешел в Майдзуру. С 4.08 по 1.09.1941 г. он в составе 21-й ДКР прошел вдоль о- вов Алеутской гряды. 18.10.1941 г. КР прибыл в Йокосуку. С 2-го по 11.11.1941 г. корабль совершил переход к о-вам Бонин (с 4-го по 8.11.1941 г.) и затем возвратился в Йокосуку, где на верфи флота с 17-го по24.11.1941 г. провели доковый ремонт. 28.11.1941 г. Кисо пришел в Аккеси (о. Хоккайдо). С 4-го по 21.12.1941 г. он вместе с Тама патрулировал у Курильских о-вов. 21.12.1941 г. во время шторма корабль получил тяжелые повреждения надстроек и корпуса (в центральной части), был вынужден укрыться в Оминато. С 25-го по 27.12.1941 г. он перешел в Йокосуку, где с 27.12.1941 г. по 16.01.1942 г. провели восстановительный ремонт. 26.01.1942 г. КР возвратился в Аккеси и до марта 1942 г. патрулировал у Курильских о-вов. С 4-го по 26.03.1942 г. Кисо находился в Йокосуке, где с 10-го по 12.03.1942 г. на верфи флота провели доковый осмотр. С 5-го по 18.04.1942 г. КР выходил в море на поиск американских АВ, которые атаковали Токио. С 24-го по 1.05.1942 г. он доставил в Муроран (с 26 по 30.04.1942 г.) армейские грузы. С 6-го по 18.05.1942 г. корабль эскортировал АТР Кимикава Мару, ГСМ которого 11.05.1942 г. провели разведку о-вов Атту и Кыска. 20.05.1942 г. КР возглавил Оккупационное соединение Кыска капитана 1-го ранга Оно Северного соединения вице-адмирала Хосогая. 26.05.1942 г. он пришел на о. Парамушир. 27.05.1942 г. Кисо в охранении TP направился к Кыска. 6.06.1942 г. он обеспечивал оккупацию острова и затем до 23.06.1942 г. крейсировал в районе в 150 милях к югу от Атту. 26.06.1942 г. КР прибыл в Оминато. 28.06.1942 г. КР вошел в состав Второго оперативного (мобильного) соединения и с 30.06 по 7.07.1942 г. патрулировал в районе к юго-западу от Кыска, обеспечивая переход к нему КОН из шести TP с армейскими частями и минную постановку МЗ Маганэ Мару (2.07.1942 г.) на западных подходах к острову. 15 (по другим данным, 16).07.1942 г. Кисо пришел в Йокосуку, где на верфи флота с 16-го по 23.07.1942 г. провели текущий ремонт корпуса и механизмов. 2.08.1942 г. КР возвратился в Аккеси.
21.10.1942 г. он пришел в Касивабару (о. Парамушир). С 14-го по 28.11.1942 г. корабль доставил на о. Атту армейские части и с 30.11 по 3.12.1942 г. - на о. Кыска. 10.12.1942 г. Кисо прибыл в Оминато и затем перешел в Майдзуру, где на верфи флота с 12-го по 30.12.1942 г. провели текущий ремонт корпуса и механизмов (в доке с 16-го по 22.12.1942 г.). После ремонта КР пришел в Оминато и 5.01.1943 г. возвратился на Парамушир. С 13-го по 24.01.1943 г. он патрулировал в районе к югу от о. Кыска и с 5-го по 22.02.1943 г. обеспечивал переход к острову военного TP (Сакито Мару, 7126 т). С 7-го по 13.03.1943 г. он во главе Транспортного соединения (два вспомогательных КР) доставил на Атту армейские грузы и боеприпасы (10.03.1943 г. оба судна разгрузились в заливе Гольц). С 15-го по 20.03.1943 г. Кисо через Оминато (18.03.1943 г.) перешел в Майдзуру, где до 28.04.1943 г. провели текущий ремонт корпуса и механизмов (в доке с 4-го по 20.04.1943 г.), заменили 90-см прожекторы на 110-см, установили РЛС тип 21 мод. 2 и до восьми (4 х 2) увеличили число 25-мм зенитных автоматов.
3.05.1943 г. КР возвратился на Парамушир, где возглавил 1-ю флотилию ЭМ (приказ МГШ от 17.04.1943 г.). С 11-го по 15.05.1943 г. КР в сопровождении ЭМ Хацусимо и Вакаба обеспечивал переход к о. Атту АТР Кимикава Мару, бортовые ГСМ которого провели воздушную разведку о-ва.