Впрочем, сталинские репрессии, особенно по отношению к людям, не помогавшим на деле нацистам, оттолкнули многих от Москвы. Среди антисоветского вооруженного подполья, действовавшего до конца 1950-х годов, преобладали греко-католики. Естественно, уже в конце восьмидесятых начались демонстрации за легализацию униатства – во Львове, Киеве и даже Москве. Советские власти уступили – и, наверное, в рамках современных представлений о свободе совести не могли сделать иначе. Но греко-католики немедленно пошли дальше. Они стали авангардом движения за отделение Украины от СССР. Именно эти люди начали устраивать в Киеве первые «майданы», именно они сделали невозможным подписание президентом Леонидом Кравчуком в 1991 году нового Союзного договора. Не случайно Патриарх Кирилл, еще будучи митрополитом, не раз говорил удивленным собеседникам: «Униаты развалили Советский Союз».
В девяностые греко-католики массово отнимали у православных храмы. В некоторых местах их отдавали почти добровольно – ведь подчас большая часть прихожан были тайными униатами или присоединялись к «побеждающей» унии. Но иногда православные люди буквально сражались – и их выгоняли силой, били палками и арматурой, набрасывались с ножами. Ольга Васильева, нынешний министр образования и науки, приводит свидетельство отца Михаила Будника из Стрыя: «30 декабря 1989 года греко-католики захватили храм, меня закрыли в пономарке и стали толкать и угрожать, их было около ста человек. Я сидел до четырех часов ночи, потом меня выпустили». Священнику говорили: «Если не перейдешь в греко-католики, мы тебя разорвем на куски». Настоятель остался без храма, писал в Верховный Совет, М.С. Горбачеву, но храм освобожден не был. Вслед за униатами храмы начали отбирать «православные» раскольники, ненавидящие Москву. Митрополит Нифонт (Солодуха) вспоминал о событиях 1992 года в Луцке: «Мы молимся, а за забором стоит толпа и скандирует: «Нифонта четвертовать! Нифонта четвертовать!» А мы молимся… Я говорил людям: «Мы поем «Господи, помилуй», а наши братья за оградой молятся словами «Геть московских попов!» И мы обращаемся к Богу, и они, как думают, обращаются к Богу. Так кого же Господь слышит?» – «Нас, владыка!» – «Так давайте и дальше петь «Господи, помилуй!»».
В России, Белоруссии, странах Средней Азии подчиненные Ватикана действовали более тонко – но также наступательно. В начале девяностых Православная Церковь была очень ослаблена. Тот же нынешний Патриарх сравнивал ее тогда с человеком, у которого долго были связаны руки – работать ими сразу невозможно. К тому же для российских либералов, контролировавших в то время власть и СМИ, главным врагом всегда было именно Православие – а потому западным религиозным влияниям дали зеленый свет. На некоторых телеканалах вовсю выступали «католики», протестанты и сектанты, а вот ни одного православного священника увидеть было нельзя.