В 1812 г. крепость состояла из земляных, частью блиндированных укреплений. Главная крепость на правом берегу Вислы и Нарева имела 4 фронта бастионного начертания и крылья. Один фронт был усилен примкнутым равелином, а три – равелинами, значительно вынесенными за гласис. В горже, вдоль берега имелся палисад с гласисом кремальерного начертания. К западу от главной крепости, у берега реки, горнверк с равелином, судя по чертежу, без наружных рвов. Еще далее к западу – верк кремальерного начертания с равелином и большим каменным блокгаузом в горже, получивший название Утратского кронверка. К северу от главной крепости – кронверк Средний, а к северо-востоку – кронверк Модлинский. На левом берегу Вислы мост. Казунское укрепление – сомкнутая пятиугольная крепостца бастионного начертания. На Шведском острове, у головы моста – флешь с крыльями. Наконец, на Новодворском полуострове – мостовое укрепление, в виде горнверка с отдельным ретраншементом за горжей, а также две передовые батареи.
Комендантом крепости был дивизионный генерал Герман Вилен Дендельс (уроженец Голландии).
К февралю 1813 г. гарнизон Модлина состоял из 4,5 тыс. человек польской пехоты и трех артиллерийских рот – двух французских и одной саксонской. В крепости имелось 120 пушек. Пороха было много. Мука, сухари, солонина и скот также имелись в значительном количестве.
5 февраля 1813 г. крепость Модлин была окружена корпусом генерал-лейтенанта Паскевича, в котором состояло 7 тыс. человек при 48 орудиях. В апреле начались переговоры о почетной капитуляции крепости, но стороны не сошлись в условиях.
Осенью 1813 г. блокадный корпус Паскевича отбыл в Богемию, а блокада Модлина была продолжена 9-тысячным ополченческим корпусом генерал-лейтенанта Клейнмихеля.
В крепости из-за небрежного хранения испортилась значительная часть продовольствия. И из-за отсутствия казарм для размещения личного состава к концу осени начались повальные заболевания.
19 ноября (1 декабря) 1813 г. гарнизон Модлина был вынужден капитулировать. Как и в ряде других случаев, русские надули противника. Клейнмихель подписал условия капитуляции, согласно которым весь гарнизон имел право свободно уйти куда хочет. Однако Александр I не утвердил условия капитуляции. Но гарнизон-то уже капитулировал, и у генерала Дендельса не было иного выхода, как подчиниться. Пленные французы были отведены в Гродно. Поляки и литовцы распущены по домам, а саксонцы и вюрцбургцы получили дозволение сохранить при себе оружие и вернуться в Германию.
Судьбу Модлина разделила еще одна стратегически важная крепость Герцогства Варшавского – Замостье. Эта крепость расположена в 70 верстах к юго-востоку от Модлина в болотистой и лесистой местности на правом берегу реки Лабунки (правого притока Вепржа) близ впадения ее в реку Топорницы.
С 1809 по 1813 г. крепость была существенно модернизирована. В начале 1813 г. гарнизон Замостья состоял из 2500 чел. пехоты, 500 артиллеристов и 360 кавалеристов. Вооружение состояло из 70 крепостных и 20 полевых орудий. Разного рода запасов в крепости имелось на 2,5 месяца.
Комендантом крепости был 37-летний дивизионный генерал Маврикий Гауке (Хауке), фламандец по происхождению.
Замостье было осаждено в начале августа 1813 г. отрядом генерал-лейтенанта Мусина-Пушкина численностью в 4,5 тыс. человек при 16 пушках. Однако, потерпев неудачу в нескольких стычках, русский отряд отошел на расстояние около 3 верст от крепостной стены.
15 марта к Замостью подошел генерал-лейтенант Рат с 10-тысячным корпусом со «значительной артиллерией».
Оттеснив передовые отряды гарнизона, русские с 20 марта приступили к постройке редутов и батарей для усиления линий обложения. Выставив 52 осадных орудия, среди которых были мортиры, доставленные из Киевской крепостной артиллерии, русские начали обстреливать город. Эта бомбардировка, продолжавшаяся, хотя и не энергично, до 27 апреля, вызвала в городе ряд пожаров. Гарнизон и жители укрылись в блиндированных помещениях и подвалах.
27 апреля обороняющиеся предприняли большую вылазку и после ожесточенного боя овладели редутом № 10 (севернее деревни Яновище), но ночью вынуждены были его оставить. Но эта вылазка явно показывала намерение коменданта упорно защищать крепость, и Рат отодвинул войска за пределы досягаемости выстрелов крепостных орудий и ограничился блокадой.
12 июля, во исполнение обещанного перемирия, заключенного между союзными и французскими войсками, были прекращены военные действия и у крепости, чем воспользовался комендант для пополнения запасов продовольствия. 21 августа перемирие кончилось, и в дальнейшем русские ограничились той же осадой.
Часть регулярных войск из корпуса Рата была отозвана, и блокада осуществлялась 21 батальоном ополчения, 5 эскадронами и 3 казачьими полками с 3 артиллерийскими ротами, всего 15 тыс. человек при 36 орудиях.