Преславное чудо от иконы Пресвятой Богордицы в Новгороде было в 1170 году. Суздальский князь Андрей Боголюбский задумал образовать на севере Русской земли одну державу и хотел одним ударом сокрушить силу новгородскую. Князья – смоленский, муромский, полоцкий и рязанский – спешили со своими дружинами принять участие в войне князя Андрея с Новгородом; «мало не вся земля Русская совокупися, единых бо князей тогда бяше 72», – так говорит древний летописец. «Горе побежденным!» – изрек вперед могущественный князь суздальский, и вместе с союзниками заранее делил между собою богатые области новгородские и расхищал сокровища древней столицы Рюрика. Но сам князь Андрей заболел и остался во Владимире, а сына своего Мстислава, покорителя стольного Киева, послал вместо себя предводительствовать войсками. С 25 февраля соединенные войска окружили город, и начались кровопролитные приступы. Новгородцы видели силу врагов и, изнемогая в неравной борьбе, все упование возлагали на Господа, Пресвятую Богородицу и на молитвы своего архипастыря Иоанна, в иночестве Ильи. Церкви были отворены; юноши и мужья умирали на стенах города; дети, жены и старцы плакали и молились в церквах, – все решили защищаться насмерть. Святитель Иоанн уже три дня и три ночи с самого появления врагов стоял при алтаре Господнем в соборной церкви, ограждая свою паству неусыпными молитвами. В последнюю ночь, когда все знали, что следующий день решит свободу или рабство Новгорода, святитель услышал голос, повелевавший ему идти в церковь Спаса на Ильинской улице, взять оттуда икону Владычицы и вознести ее на городскую стену – и «узриши спасение граду». Св. Иоанн, исполненный страха и радости, молился преклоненный до самого рассвета, потом велел благовестить в большой колокол и, объявив народу о бывшем ему откровении, послал в церковь Спаса за иконою Владычицы своего протодиакона с соборным клиром, а сам начал молебное пение. Посланные возвратились в ужасе, говоря, что икона не двигалась с места. Тогда сам святитель со всем собором пошел в Спасскую церковь, пал пред иконою Пресвятой Богородицы и возгласил со слезами: «О Премилостивая Владычица, Богородице Дево! Ты – Упование и Заступница граду нашему, покров и прибежище всем христианам! Молися Сыну Твоему и Богу нашему за град наш и не предаждь нас врагам нашим грех ради наших; но услыши плач и воздыхания людей Твоих и пощади нас, как и ниневитяне древле пощажены были покаяния ради». Поднявшись от земли, он начал молебное пение, и, лишь только произнесены были начальные слова кондака Богородицы: «предстательство христиан непостыдное», внезапно сама собою с места двинулась икона Владычицы. Народ, видя такое чудо, единодушно завопил: «Господи, помилуй!» Святой архипастырь благоговейно поднял икону и в сопровождении всего народа вознес и поставил ее на городскую стену, где кипела ожесточенная битва. Народ вопиял пред иконою: «Виждь, Богомати, наше смирение и не отрини до конца моления нашего, но умилосердись над стадом Твоим, Пречистая!» Враги все сильнее нападали; тучи стрел летели на стену. Вдруг одна стрела какого-то суздальца вонзилась в икону – внезапно святой лик Свой Она отвратила от нападавших и обратилась к городу. Слезы падали из очей Богородицы, и святитель Иоанн, приняв их на свою фелонь, в умилении воскликнул: «О, дивное чудо! Как из сухого дерева текут слезы? Царице! Ты даешь нам знамение, что сим образом молишься пред Сыном Твоим и Богом нашим об избавлении града». Надежда на заступление Матери Божией укрепила новгородцев; не хотели они сидеть в городе, отбили городские ворота и пошли в самый стан неприятельский. Внезапный ужас напал на сопротивных, и тьма их покрыла; гнев Божий смутил их, и они бежали, не думая о защите. Все признали спасение Новгорода чудом от иконы Знамения Божией Матери. В память этого события святитель Иоанн установил в 27-й день ноября праздник Знамения Божией Матери в Великом Новгороде и назвал его днем избавления Новгорода и днем наказания ратующих против единоверных. Вся Россия празднует день Знамения Божией Матери, один из древнейших русских праздников.
Чудотворная икона Знамения находилась в Спасо-Преображенской церкви на Ильинской улице еще 186 лет после явления такого чудесного знамения заступничества Владычицы. В 1356 году новгородцы построили для чудотворной иконы Знамения особый храм, который до сего времени называется собором Знамения Богородицы. Икона Знамения представляет Божию Матерь, подъемлющую обе руки в виде молитвы; на коленях Ее находится Предвечный Младенец.