Так решительно боролся святейший патриарх Иоаким с латинством, которое заносили в Москву киевские ученые и "новотворенныя киевския книги". С киевскими книгами патриарх боролся и раньше. Он учредил для них самую строгую цензуру: заставлял перепечатыват, а иногда просто выдирать целые листы; иные книги и совсем запрещал [21]. И однако западно-русские книги широко распространялись по Московской Руси. Было нечто им благоприятствовавшее. Что же именно? Это был московский царский двор, где были даже покровители иезуитов, вроде князя П.В. Голицына, столь близкого к Софье. В этих именно придворных кругах находили поддержку и даже влияние и Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев. Западно-русские ученые изобрели даже особый способ для распространения своих книг в Москве: они посвящали свои книги особам царствующего дома [22]. Во дворце эти книги находили совершенно иной прием, нежели у патриарха. Придворный фаворит Симеон Полоцкий даже не подчинялся в своей литературной деятельности цензуре и контролю патриарха. Об этом сам патриарх говорит в "Слове поучательном". "Толико той Симеон освоеволился, яко и печатным тиснением некия своя книги издати, оболгав мерность нашу, предписа в них, якобы за нашим благословением тыя его книги печатаны. Мы же, прежде типикарскаго издания тех книг ниже прочитахом, ниже яколибо видехом, но, яже еже печатати, отнюдь не токмо благословение, но ниже изволение наше бысть" [23]. Очевидно, в своей борьбе с латинским влиянием патриарх Иоаким встречал противодействие со стороны западнической и латинофильствующей придворной партии.
Но если патриарху Иоакиму не удалось очистить Московскую Русь от "новотвореных киевских книг", то он одержал победу над латинской партией в деле учреждения в Москве высшего училища. В начале последней четверти 17-го века мысль об устройстве такого училища окончательно созрела у московского правительства. Между греческой и латинской партиями началась борьба по вопросу о том, какою должна быть высшая московская школа – греческою или латинскою. Вокруг патриарха группировалась греческая партия. Мы имеем и литературные памятники упомянутой борьбы, из которых мы видим, как старалась греческая партия охранить московское богословское училище от латинского влияния и в чем усматривала она опасность латинского учения. Обсуждается в этих памятниках собственно вопрос о том, учить ли греческий язык или латинский, но этот вопрос имел тогда настоящий богословский смысл. Язык был, можно сказать, знаменем того или другого богословского направления. В нашей академической библиотеке есть рукопись с заглавием: "Довод вкратце, яко учение и язык еллиногреческий наипаче нужно потребный, нежели латинский язык и учения, и чем пользует славенскому народу". Необходимость изучать греческий язык здесь доказывается различными соображениями и делается вывод: "Подобает наипаче учитися гречески, понеже тем языком нетокмо не вредится православная вера, яко латинским, но и зело исправляется, и учити купно с славенским, яко да временем и славенский язык (который пребогат есть) очистился и иных ученых языков сочетался. А по греческом учении, хотящему не вредительно учитися и латинскому, а в первых латинскому языку учитися велие опасение, яко да не латинским языком подкралася тайна и вера и обычей латинской, как видим в разных народах, наипаче в французском, зане ничего не пременяет человека и нравы сице, яко странное учение... А белоруси хотя и учатся латинским языком, скудости ради греческого учения (кроме Львова, где учатся гречески), однакожде припоминати надобно, что малая часть из тех во унею не падают, познавается в них остатки иезувитския, понеже иезувиты не учат их высокими науками, покамест пред Богом не обещаются держати латинской религии" [24].