В деле устройства в Москве высшего училища греческая партия, возглавляемая патриархом Иоакимом, взяла верх. В 1682 году составлена была знаменитая "привилегия на Академию". Здесь Академии предоставлялись весьма широкие права. Академия не только должна была быть ученым и учебным учреждением; ей принадлежит надзор за народным образованием, над книгопечатанием, над чистотой православной веры, даже суд по религиозным преступлениям. Неизвестно, кем эта привилегия составлена. Считали ее произведением Симеона Полоцкого [26], но несомненно, что окончательная ее редакция принадлежит сторонникам греческого православного образования" [27].
В некоторых своих местах привилегия прямо направлена против южнорусских ученых, которые могут занести в школу латинское влияние. "А иже имут в наше царствие из литовския страны и из малыя России и из иных стран ученые люди, хотящии зде в наших училищах Блюстителем и Учительми быти, приезжати и о себе поведати, яко они благочестивые, и от благочестивых родителей рождены и воспитаны в православной восточной вере: и оным без подлинного об них известия, и достоверных благочестивых людей свидетельства словесем их не верити, и в Блюстители и во Учители их не устрояти, аще бы кто из них и писанием правду веры нашея восточныя удостоверял, а неправду на ону нашу православную веру от римлян и от лютеров и от кальвинов, и от иных ересей наносимыя обличал и укорял: того ради, что обычай есть таковыми способы прелестникам в верах замешение творити; прежде таковии являются якобы совершенно благочестивые, и по благочестии ревнители крепкие, а потом, егда уверятся быти благочестивыми, тогда помалу развратная словеса вере нашей всевати, и оныя непорочную целость терзати начинают" [28].
Еще раньше издания этой привилегии патриарх открыл при типографии начальное греческое училище, а когда с Востока прибыли от патриархов греки "самобратия" Лихуды Иоанникий и Софроний, положено было основание Славяно-Греко-Латинской Академии, где сразу же получил господство греческий язык: на греческом языке велось самое преподавание, греческие были и учебные руководства. Сама Академия в первое время называлась "Греческими школами", "Еллино-Славенскими схолами" [29].
Так Российская Православная Церковь 17-го века, возглавляемая святейшим патриархом, твердо держалась греческого православия и всеми силами боролась с чуждым латинским богословием, которое заносили в Москву ученые малороссы.
Благодаря неусыпным трудам ревностного патриарха, в Москве побеждает греческое направление, а все латинское отдаляется от новой духовной школы.
Нужно сказать, что московский патриарх был не одинок в борьбе против латинского влияния. Пусть он уже не находил сочувствия в этой борьбе со стороны московского правительства, - с ним за одно были восточные патриархи.
Русская церковь была тогда в весьма оживленных отношениях со вселенскими патриархами, которые и лично приезжали в Москву, и обменивались грамотами с русским церковным и гражданским правительством. Восточные патриархи всегда поддерживали русскую иерархию в борьбе с латинством, иногда даже побуждали к этой борьбе и всеми мерами способствовали укреплению и господству в Москве образования православного греческого. В день Рождества Христова 1668 года от лица присутствовавших в Москве патриархов было произнесено слово "О взыскании премудрости Божественной". Здесь патриархи скорбят о том, что в православном роде российском пренебрегается изучение греческого языка и настойчиво убеждают царя, иерархов и весь народ позаботиться об устройстве в Москве греческого училища. "Положи отныне, обращаются патриархи к царю Алексею Михайловичу, в сердце твоем, еже училища – тако греческая и иная – назидати, спудеов милостиво и благостно умножати, учители благоискусны взыскати, всех же честми на трудолюбие поощряти, то абие узриши многи учения тщатели, а по мале времени приимеши, даст Бог, плод стократный и полныя рукояти от сих семян" [30].