Утром 30 марта англичане миновали Кронеборг. Комендант крепости полковник Штрикер отдал приказ начать огонь, и англичанам пришлось прорываться сквозь артиллерийские залпы с 7.00 до 9.30. В полдень англичане достигли Люнгбю. Нельсон и Грейвз пошли на малых судах на разведку, тогда как кэптену Томасу Харди было поручено заняться промерами глубин. Результаты рекогносцировки не радовали: датчане извещены о подходе англичан и готовы к бою. Позиция у них очень сильная, а мели не позволят ввести в действие весь флот. После военного совета Паркер отдал Нельсону 12 линейных кораблей и мелкие суда (все перечислены в таблице), а сам с оставшимися силами отошел к северо-востоку, к шведскому берегу.
Таким образом, именно на Нельсона пала вся ответственность атаки, которую знаменитый адмирал решил начать 2 апреля 1801 года. Понимая, что противник очень силен, Нельсон сделал всего два указания: главный удар нанести по южной линии датских кораблей как по более слабой; атаковать от последнего корабля к первому, проходя с небоевого борта собственных кораблей, чтобы не множить потери, продвигаясь вперед сквозь строй датчан.
Утром 2 апреля англичане, пользуясь попутным ветром, пошли на сближение, но первая потеря британцев была не связана с действиями противника — 64-пушечный «Агамемнон» вылетел на мель. Сняться он так и не смог, и участия в сражении не принимал. Далее вою жатву собрала и отмель Миддельгрунд — там вылетели на мель 74-пушечные «Рассел» и «Беллона». Эти корабли в принципе могли стрелять по датчанам, но очень ограниченно. То есть у Нельсона осталось девять линкоров против 12.
Датчане открыли огонь в 10.05 утра. Нельсон, понимая, что между датской линией и мелями маневрировать не получится, приказал становиться на шпринг напротив каждого датского корабля и вести бой один на один. Однако приблизившись, англичане увидели один неприятный сюрприз — артиллерийские баржи, которые на дистанции свыше 600 ярдов были не видны из-за их низкого силуэта.
Получилось, что противник имеет значительное боевое преимущество. Бой на близкой дистанции (200 метров) начался в 11.30. К 13.00 50-пушечный «Айсис» был расстрелян донельзя и утонул бы, не подави огонь 56-пушечного «Провистинена» «Полифем» и фрегат «Дегри». 74-пушечный «Монарх» кренился на боевой борт, получив восемь попаданий под ватерлинию от «Хольштейна» и «Зееланда».
Паркер из-за порохового дыма не видел ничего, что происходит. И тут в проблесках неба впередсмотрящие обнаружили, что «Беллона» и «Рассел» подняли сигналы бедствия, а «Агамемнон» сидит на мели. Паркер поднял приказ, призывающий Нельсона отойти, но сэр Горацио уже был связан боем, и отходить, прорвавшись через строй датских линкоров, пришлось бы так же, то есть через огонь датского флота и батарей. По сути, у Нельсона оставался только вариант победить или умереть. Увидев сигнал Паркера, Нельсон, конечно же, его проигнорировал, поднеся подзорную трубу к пустой глазнице и сказав капитану «Элефанта»: «Вы знаете, Фоули, я же слепой на один глаз и могу чего-то не видеть иногда». Замечание остроумное, но отступить по ситуации на час дня Нельсону бы просто не дали.
Переломным оказался период с 13.30 до 14.00. Часть датских кораблей получила сильные повреждения, на некоторых кончились порох и ядра. Затонул 70-пушечный «Ниборг», горели «Хольштейн», «Даннеборг», «Зееланд». «Индфьодсреттен» поднял было белый флаг, но его прикрыл «Трекронер», и после смены капитана корабль продолжил стрельбу. 10-пушечный фрегат «Эльфен» и артиллерийская баржа «Найен» (имеющие более скромное вооружение, нежели блокшипы и линкоры), а также «Хольштейн» были захвачены англичанами — они находились в плачевном состоянии.
Но надо сказать, что и кораблям Нельсона досталось. И если датчане могли пополнить припасы и возобновить бой, то Нельсону этого было сделать просто негде. В результате он послал парламентера к принцу Фредерику, который передал письмо следующего содержания: «От братьев-англичан датчанам. Лорд Нельсон не имеет желания сражаться с датчанами, но если стрельба со стороны датских кораблей продолжится, то он будет вынужден сжечь все плавучие батареи, захваченные им, без возможности спасти жизни отважных датчан, которые защищали на батареях свою родину. Писано на борту корабля Его Величества „Элефант“ 2 апреля 1801 года. Лорд Горацио Нельсон».
Нельсон сообщает прямо, что в случае продолжения боя он сожжет заживо попавших в его руки пленных и раненых (с «Эльфена» и «Хайена»).
В 14.30 принц Фредерик получил послание Нельсона. Одновременно с этим письмом Фредерик получил сообщение из России: 24 марта 1801 года в Михайловском замке убит русский царь Павел I. Получалось, что Дания остается один на один с Англией, потому что при таком раскладе Швеция ей вряд ли поможет. Поэтому в 15.00 предложение Нельсона было принято.