Важнейший глубинный разлом А. — т. н. «рубец», вытянутый с небольшими изгибами с В. на З. на 600
К С. от центральной расположена зона, состоящая из цепи кристаллических (автохтонных) массивов (Меркантур в Приморских А., Пельву, Белледонна, Монблан во Французских А., Аарский, Готтардский в Швейцарских А.), частично покрытых чехлом пермских и мезозойских пород. Восточнее долины Рейна на продолжении этой зоны располагается полоса палеозойских пород граувакковой зоны Австрийских А.
В Восточных А. севернее располагается зона, сложенная известняками и доломитами триаса и юры. Известняки образуют систему восточно-альпийских покровов, многочисленные чешуи которых в целом надвинуты к С. на флишевую зону. (Некоторые исследователи считают, что восточно-альпийские покровы перемещены в современное положение из Южных А.)
Вдоль внешнего края А. протягивается флишевая зона. В Восточных А. она сужена из-за перекрытия известняковыми покровами, а в Швейцарии снова расширяется и с перерывами следует на Ю. до Средиземного моря. Её слагает сильно складчатый флиш мелового и палеогенового возраста. Особенно сложное строение она имеет в Швейцарских А., где осложнена серией т. н. гельветских покровов, в которых участвуют породы чехла автохтонных массивов (Аарского и Монблана), а местами также породы, принесённые из центральной зоны А. (см.
Зона южного склона А., ограниченная на С. главным разломом, построена более просто. Её слагают полого залегающие слои пород от триасового до эоценового возраста, которые разбиты системой сбросов на отдельные блоки. Имеются излияния и внедрения порфиров.
В геологической истории А. выделяют 2 периода. В течение первого (доальпийского) периода формировался кристаллический комплекс основания и покрывающие его палеозойские породы с интрузиями гранитов. В конце этого периода образовались впадины, выполнявшиеся угленосными и пестроцветными породами конца карбона, перми и начала триаса. Второй период (альпийский) можно разделить на 3 этапа: первый связан с развитием Пеннинского геосинклинального прогиба, который заложился в конце триаса, прогибался и заполнялся осадками до начала мелового периода, в середине мела закончился складчатостью и формированием системы пеннинских покровов; второй этап характеризовался образованием флишевых прогибов — периферического и в средней части А.; третий этап, приуроченный к олигоцену, ознаменовался поднятием А., складчатостью в пределах флишевых прогибов, возникновением Предальпийского краевого прогиба и заполнением его молассами; в это же время образовались восточно-альпийские и гельветские покровы и произошло внедрение гранитоидов в зоне главного разлома.