В 1229 в Б. вторглись монголо-татары и к 1236 полностью покорили её; она вошла в удел Шейбани — брата Батыя
.
Во 2-й половине 15 в., после распадения Золотой Орды
на несколько ханств, Южная и Юго-Восточная Б. вошла в состав Ногайской Орды
,
Западная Б. — в состав Казанского ханства
,
Северо-Восточная (Зауральская) — Сибирского ханства
.
После взятия русскими войсками Казани и ликвидации Казанского ханства (1552) русский царь Иван IV Васильевич Грозный обратился к народам, жившим на территории ханства, в том числе к башкирам, с «жалованными грамотами», в которых призывал их принять русское подданство и платить ясак
Русскому государству. На это в 1552 западные башкиры ответили челобитием с просьбой принять их в русское подданство. К 1557 большая часть Б. добровольно вошла в состав России. Башкиры, жившие на В. от Урала, перешли под власть русского царя в конце 16 — начале 17 вв., после завоевания и ликвидации Сибирского ханства и присоединения Западной Сибири к России. Вхождение в состав России имело для Б. прогрессивное значение — прекратились разорительные междоусобные войны, башкиры получили защиту от набегов соседних кочевых народов; создались более благоприятные условия для развития экономики и культуры. В 16 в. в основном сложилась башкирская народность. В конце 16—17 вв. усилился приток в Б. русских крестьян и народов Поволжья, что содействовало развитию земледелия в Б. и переходу коренного населения к оседлости. Землевладение у башкир было общинным, земля считалась собственностью племени или рода, но скотом они владели на правах частной собственности. Промышленность находилась на стадии домашнего ремесла. Хозяйство имело в основном натуральный характер. Всё ещё сильны были патриархально-родовые пережитки. Возмущение широких масс башкирского населения — «чёрных людей» — растущим гнётом местных феодалов и ростовщиков, а также захват земель русскими помещиками и злоупотребления чиновников при взимании ясака привели во 2-й половине 17 — середины 18 вв. к крупным восстаниям (в 1662—64, 1681—83, 1704—11, 1735—40, 1755 и др.), которые жестоко подавлялись царским правительством. Эти восстания вошли в историю под названием Башкирских восстаний 17— 18 вв
.
Большое влияние на экономику Б. в 18 в. оказало развитие горнозаводской промышленности на Урале. Башкирское население постепенно втягивалось в горнозаводское производство, появились рудопромышленники-башкиры. В административном отношении Б. (Уфимская и Исетская провинции) с 1744 входила в Оренбургскую губернию. Политика царского правительства, способствовавшая усилению эксплуатации народа местными башкирскими и татарскими феодалами, расхищение земель и недр русскими помещиками, заводчиками, чиновниками приводили к усилению антифеодальной борьбы башкирских масс. Башкиры активно участвовали в Крестьянской войне под предводительством Е. И. Пугачева
,
в которой выдвинулся легендарный герой башкирского народа Салават Юлаев
.
Одним из руководителей башкир был также Кинзя Арсланов
.
В 1788 Уфа становится одним из центров Духовного управления мусульман России. В 1798 в Б. была введена кантонная система управления, которая превратила башкир в военное сословие (см. Башкиро-мещерякское войско
).
С 1798 по 1832 в Б. проводилось генеральное межевание
земель. Реформа 1861 внесла некоторые изменения в положение башкир: в 1865 была отменена кантонная система, образована самостоятельная Уфимская губерния. В 19 в. упрочилась оседлая жизнь башкир и расширилось земледелие. Земельные отношения осложнялись и обострялись продолжавшимся расхищением башкирских земель казной. С 70-х гг. 19 в. до начала 20 в. было отчуждено 2 млн. десятин лучших земель. Социальный гнёт, политика насильственной русификации вызвали в кон. 19 в. новые стихийные волнения башкир.