Правительство Мага столкнулось с большими трудностями, связанными с экономической отсталостью, межплеменными трениями и религиозными особенностями, обусловившими обострение отношений между тремя регионами страны: севером (народы барба и сомба), районом Абомея (фон) и районом Порто-Ново (йоруба). В 1961 правительство Мага установило однопартийную систему. Был принят закон, ограничивший деятельность профсоюзов и свободу печати и позволявший полиции без юридического расследования подвергать репрессиям «лиц, действия которых опасны для порядка». Однако притупить остроту политических и этнических противоречий правительству не удалось.
В октябре 1963 трудящиеся массы под руководством профсоюзов выступили против правительства (активное участие в этих выступлениях приняли учащаяся молодёжь и др. круги интеллигенции). Организованная профсоюзами всеобщая забастовка 26—28 октября привела к отставке правительства. Власть временно перешла в руки начальника штаба дагомейской армии полковника К. Согло. В начале января 1964 была принята новая конституция, предусматривавшая разделение власти между президентом — главой государства и вице-президентом — главой правительства. Было восстановлено право трудящихся на забастовку, запрещено призывать иностранные войска для разрешения внутренних конфликтов. 19 января состоялись президентские и парламентские выборы. Президентом был избран С. М. Апити, вице-президентом Ж. Ахомадегбе — кандидаты созданной в декабре 1963 Дагомейской демократической партии, выступившей под лозунгами укрепления единства страны и африканского единства, оздоровления экономики и повышения жизненного уровня народа, международного сотрудничества и укрепления мира. Дагомейская партия единства была распущена новым правительством. Вскоре дагомейские правящие круги, стремясь ослабить оппозиционное движение, начали постепенную ликвидацию демократических свобод, завоёванных в конце 1963. Обострились разногласия между Апити и Ахомадегбе. В такой обстановке армия при поддержке профсоюзов и учащейся молодёжи в ноябре 1965 сместила Апити и Ахомадегбе. После переворота политическое положение в стране оставалось крайне неустойчивым, что проявлялось, в частности, в многократных сменах правительства. С декабря 1965 по декабрь 1967 у власти находилось правительство генерала Согло, после смещения которого правительство возглавил подполковник Алле, провозглашенный главой государства.
В марте 1968 была принята новая конституция, предусматривавшая восстановление в Д. президентского режима. Все политические объединения были распущены. В июне 1968 военные круги выдвинули в президенты доктора Э. Зинсу, который в результате референдума, проведённого 28 июля 1968, получил большинство голосов. правительство Зинсу продолжало политический курс его предшественников, направленный на подавление всех оппозиционных сил. В мае 1969 в связи с раскрытием заговора против правительства и попыткой провести всеобщую забастовку был арестован ряд профсоюзных лидеров, закрыты газеты, выступавшие против правительства. 10 декабря 1969 президент Зинсу был смещен со своего поста группой военных во главе с начальником генерального штаба подполковником Куандете, который вошёл в состав образованной 18 декабря военной Директории из трёх человек (председатель подполковник П. Э. де Суза), сосредоточившей в своих руках всю полноту власти. Конституция 1968 была отменена. В мае 1970 Директория передала власть гражданской администрации — Президентскому совету в составе Ю. Мага.
Во внешней политике все правительства Д. ориентировались на западные государства, прежде всего на Францию. Д. установила тесные отношения с США, ФРГ, Израилем, марионеточным режимом на Тайване. С 1961 Д. — член Афро-Малагасийского союза (с 1965 — Обшая афро-малагасийская организация; с 1970 —
Профсоюзы: Всеобщее объединение трудящихся Д., основано в 1961, входит в ВФП; Всеобщее объединение профсоюзов Д., основано в 1964; Дагомейская конфедерация верующих трудящихся, основана в 1952, входит в Международную конфедерацию труда; Национальная конфедерация свободных профсоюзов, основана в 1964, входит в Международную конфедерацию свободных профсоюзов. В стране действуют 19 автономных профсоюзов.