В 1-й четверти 13 в. вторжение немцев и датчан, создавших мощную сеть крепостей, привело к резкому перелому в развитии архитектуры. Строительные мастера — выходцы из Германии и Скандинавии принесли с собой новые стройматериалы (кирпич, известь, стекло) и методы конструкции, присущие романскому стилю
(арка, свод, кладка на известковом растворе). Главным типом здания стали церкви, использовавшиеся и в оборонных целях. Позднероманские мотивы проявились в церкви в Вальяла (13 в.). С середины 13 в. они сочетались с раннеготическими формами (стрельчатая арка, кубкообразная капитель). В 13—14 вв. сложились самостоятельные архитектурные школы. В Западной Э. и на островах преобладали однонефные церкви без башни, с высокими нервюрными сводами, узкими окнами, пластически акцентированными порталами и скульптурным убранством (Вальяла, Муху, Каарма на о. Сааремаа, Хаапсалу и др.). В Центр. Э. господствовал тип трехнефной зальной церкви с башней, безнервюрными «купольными» сводами, круглыми столбами с резными капителями (в Амбла, 3-я четверть 13 в.; в Коэру, Тюри и др. — конец 13 — 1-я половина 14 вв.). В Южной Э. преобладали кирпичные трехнефные зальные церкви без башни, с ложными нишами щипцов, крестообразными в плане столбами, нервюрными сводами (в Ныо, конец 13 в., в Пылве, конец 15 в., и др.). Крупнейшая готическая постройка в Э. — базиликальный собор Петра и Павла в Тарту (13—15 вв.) с хором зального типа и двухбашенным фасадом. В 14 в. была возведена базиликальная церковь Яана в Тарту. Образцом позднеготического зодчества Северной Э. стала архитектура Таллина. В 13—16 вв. в Таллине сооружались церкви: Домская, Пюхавайму, Олевисте, Нигулисте; готические гражданские здания: ратуша (1404), гильдия Олевисте (15 в.) и Большая гильдия (15 в.), ансамбли монастырей: Катарийна (доминиканский монастырь св. Екатерины, 13—16 вв.), Михкли (св. Михаила, 13—16 вв.) и Пирита (св. Бригитты, 15—16 вв.), дома горожан с жилой комнатой высотой в 2 этажа («diele») и главным фасадом, украшенным резным порталом с предпорожьем. В 14 в. таллинские мастера строили на всей территории Северной Э. (церкви Кейла и Козе в у. Харью, Люганузе и Йыхви в у. Виру). В 15 в. в Северо-Западной Э. преобладали одно-двухнефные церкви, на С.-В. — трехнефные зальные церкви с башней (Хальяла, Виру-Яагупи, Вяйке-Маарья и др.). В период готики
в Э. было построено более 50 каменных замков различных типов: нерегулярные, связанные с рельефом (Отепя, Лихула), жилые донжоны (Пайде, Пейде, Вастселийна), регулярные кастеллы (Таллин, Хаапсалу, Пылтсамаа). С последней четверти 13 в. строились характерные для нем. ордена конвентские дома
(в 13— 14 вв. в Вильянди, Пярну, во 2-й половине 14 в. в Таллине, Раквере, Нарве, Курессааре, в 15 в. в Пылтсамаа). С развитием огнестрельного оружия часть замков была превращена в обширные лагерные кастеллы (Пайде, Вастселийна, Хаапсалу). В сел. местности монастыри (Кяркна, Падизе), а также часть церквей (Вальяла, Кихельконна, Ныо, Лайузе, Йыхви, Марьямаа, Пюха и др.) имели крепостной характер. 6 городов были защищены каменными стенами и укрепленными воротами (Таллин, Тарту, Нарва, Пярну, Вильянди, Хаапсалу). В 1-й четверти 16 в. наряду с готикой появились ренессансные тенденции (главным образом в орнаментике и архитектурном декоре): важня (1554), дом братства Черноголовых, шпиль ратуши (архитектор А. Графф, 1627) — в Таллине, жилые дома в Нарве.
Около 1640 в Э. проникает барокко
;
ратуша, 1668—71, архитектор Г. Тейфель, в Нарве, Таллинские ворота в Пярну, 1690, и др. В облике городов важными композиционными акцентами стали бастионы (Таллин, Нарва, Тарту, Пярну). После присоединения к России в 18 в. архитектура Э. развивается в тесной взаимосвязи с русской. В Таллине были построены дворец и парк Кадриорг (1718—25, архитектор Н. Микетти), здание губернского управления (1767—73, архитектор И. Шульц); помещичьи усадебные дома (Палмсе, Сагади, Хийу-Сууремыйза), перестроен в дворцовом духе замок Пылтсамаа (1772—74, интерьеры — И. М. Графф). В церковном зодчестве распространились зальный и крестово-купольный типы (церковь Елизаветы, 1744—47, а архитектор И. X. Гютербок, и православная церковь Екатерины, 1764— 1768, архитектор П. Егоров, в Пярну). В конце 18 в. утвердился ранний классицизм
,
сохранивший отдельные черты барокко: ратуша в Тарту, 1782—89, архитектор Ю. Г. Б. Вальтер. В 19 в. под воздействием петербургского зодчества распространились «образцовые» проекты фасадов, в особенности для жилых и общественных зданий в Тарту (гостиный двор, 1816—21, разрушен). Здесь же было построено здание университета (архитектор И. В. Краузе). В Северной Э. в начале 19 в. строились усадебные дома дворцового типа (Хыреда, Колга, Рийзипере) с пейзажными парками.