Медленно развивалось здравоохранение во время господства буржуазии в 1919—40. Были распространены острые кишечные инфекции, сыпной тиф, туберкулёз, трахома, детские инфекции (корь, дифтерия, скарлатина, коклюш), венерические болезни. Встречались заболевания возвратным тифом, бруцеллёзом, сибирской язвой, отмечались случаи оспы. Во время войны появилась малярия. В послевоенное время в Л. полностью ликвидированы сыпной и возвратный тифы, трахома, оспа, малярия, почти полностью — дифтерия. Заболеваемость коклюшем, корью, смертность от туберкулёза резко снизились. С 1959 проводится массовая вакцинация детского и юношеского населения против полиомиелита, благодаря чему он практически ликвидирован.
В 1972 было 295 больничных учреждений на 34 тыс. коек (10,5 койки на 1 тыс. жителей) против 77 больниц с 8,9 тыс. коек (3 койки на 1 тыс. жителей) в 1940. В стационарах развёрнуты специализированные койки (в тыс.): терапевтических 6,5, хирургических 4,4, онкологических 0,6, оториноларингологических 0,7, офтальмологических 0,4, неврологических 1, для беременных и рожениц 2,5, гинекологических 1,5, детских (неинфекционных) 4,2 и т.д. Внебольничную помощь оказывали 442 амбулаторно-поликлинических учреждения (128 в 1940); на предприятиях трудящихся обслуживали 46 врачебных здравпунктов. В 1972 работали 218 женских консультаций, детских поликлиник и амбулаторий, функционировали 22 диспансера, в том числе 7 противотуберкулёзных, 4 онкологических и 5 кожно-венерологических, всего на 2 тыс. мест. В 338 аптеках и 1073 аптечных пунктах работало 1,1 тыс. провизоров и 1,3 тыс. их помощников. Создана сеть санитарно-противоэпидемических учреждений, в том числе 57 санитарно-эпидемиологических станций. В лечебно-профилактических учреждениях в 1972 работали 9,7 тыс. врачей (1 врач на 335 жителей) и 26,7 тыс. лиц среднего медицинского персонала против 2,0 тыс. врачей (1 врач на 1,5 тыс. жит.) в 1940.
Подготовку медицинских кадров осуществляют Каунасский медицинский институт, медицинский факультет Вильнюсского университета и 6 медицинских училищ. Проблемы медицинской науки и практики, кроме вузов, разрабатываются 5 НИИ (экспериментальной и клинической медицины; онкологии; эпидемиологии, микробиологии и гигиены; туберкулёза; физиологии и патологии сердечно-сосудистой системы). В учебных и научно-исследовательских медицинских институтах работали свыше 70 докторов и свыше 400 кандидатов медицинских наук (1973).
Популярностью пользуются бальнеологические и грязевые курорты