Многие современники Р. Вирхова не только не приняли эту теорию, но подвергли основные её принципы критике, признали ограниченным анатомо-локалистическое мышление в то время, когда оно ещё казалось незыблемым. Синтетическому мышлению, отражающему сложные связи организма и среды, способствовали успехи эволюционной теории (см. Дарвинизм
). Признание родства человека с животными привело к тому, что врачи стали шире применять эксперимент на животных для уяснения закономерностей жизни человека в условиях здоровья и болезни. К. Бернар
в середине 19 века работал над созданием экспериментальной М., объединяющей физиологию, патологию и терапию. Многими исследованиями действия лекарств, веществ и ядов на организм К. Бернар заложил основы экспериментальной фармакологии и токсикологии. В Германии школа И. Мюллера
исследовала физиологию органов чувств, пищеварения, крови; работы Г. Гельмгольца
способствовали выделению из хирургии учения о глазных болезнях
— офтальмологии. Чешский физиолог И. Чермак, усовершенствовав ларингоскоп, положил начало ларингологии, а А. Полицер
и его ученик Р. Барани (Австрия) стали основоположниками отиатрии и отохирурги и (см. Оториноларингология
). Ещё в 1-й половине 19 века трудами Е. О. Мухина, П. А. Загорского
, И. Е. Дядьковского, А. М. Филомафитского
, И. Т. Глебова
и других были заложены теоретические и экспериментальные основы развития физиологического направления в отечественной М., но особый расцвет его приходится на 2-ю половину 19 века и 20 век. Книга И. М. Сеченова
«Рефлексы головного мозга» (1863) оказала решающее влияние на формирование материалистического мировоззрения русских физиологов и врачей. Наиболее полно и последовательно физиологическое направление и идеи нервизма
были использованы в клинической медицине С. П. Боткиным
, в свою очередь оказавшим глубокое влияние на И. П. Павлова
. Многочисленные ученики и идейные продолжатели И. М. Сеченова развивали передовые принципы материалистической физиологии в различных медицинских дисциплинах: Н. Е. Введенский
, А. Ф. Самойлов
, М. Н. Шатерников
и другие — в области нормальной физиологии, В. В. Пашутин
— патологической физиологии, Н. П. Кравков
— экспериментальной фармакологии, Г. В. Хлопин
— гигиены и т. д. Фундаментальные открытия в области физиологии нервной системы (явления доминанты
, парабиоза
, соотношение процессов возбуждения
и торможения
) Н. Е. Введенского, А. А. Ухтомского
и их последователей способствовали развитию экспериментальной М. и прежде всего нейрофизиологии
. Процесс дифференциации медицинских знаний сопровождался формированием интегрирующей дисциплины — общей патологии, изучающей закономерности возникновения и развития патологических процессов. Первоначально основными её методами были клинические наблюдения, описание симптоматики, систематизация и обобщение практического врачебного опыта. Благодаря успехам патологической анатомии общая патология в 1-й половине 19 века стала развиваться в патоморфологическом направлении, наиболее видным представителем которого был А. И. Полунин — организатор 1-й самостоятельной кафедры общей патологии в Московском университете (1869). Это направление, обогащенное впоследствии гистологическими, биохимическими и экспериментальным методами исследования, развивалось в трудах С. М. Лукьянова, К. А. Л. Ашоффа
и других. Оригинальным его продолжением явилось клинико-анатомическое направление московской школы патологоанатомов (М. Н. Никифоров
, А. И. Абрикосов
, И. В. Давыдовский
). Петербургская (М. М. Руднев
и другие) и киевская школы патологов избрали путь экспериментальной патоморфологии. В. В. Пашутин организовал кафедры общей патологии с ярко выраженным экспериментально-физиологическим направлением в Казанском университете (1874), затем в Петербургской медикохирургической академии (1879) и создал 1-ю научную школу патофизиологов. В дальнейшем это направление стало господств, на большинстве кафедр общей патологии в России, что привело к переименованию дисциплины в патологическую физиологию. Аналогичное направление развивал в Германии патолог-экспериментатор Ю. Конгейм
.