На формы организации партизанских сил и способы их действий влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в том числе открытые бои с противником. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
В ряде районов Прибалтики, Молдавии, южной части Западной Украины, которые только в 1939—40 вошли в состав СССР, гитлеровцам удалось через буржуазных националистов распространить своё влияние на некоторые слои населения. Поэтому крупные партизанские формирования не могли длительно базироваться в одном районе и действовали главным образом рейдами. Существовавшие здесь небольшие партизанские отряды и подпольные организации вели главным образом диверсионно-разведывательные действия и политическую работу. В Карелии, где подавляющая часть населения была эвакуирована на В. или вывезена на принудительные работы в Финляндию, партизаны вели борьбу путём рейдов, базируясь на территории, занятой советскими войсками.
Общее стратегическое руководство вооруженной борьбой партизанских сил осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования, которая определяла основные задачи партизан на каждом этапе войны и в отдельных стратегических операциях и организовывала стратегическое взаимодействие партизан с Советской Армией. Непосредственное стратегическое руководство боевой деятельностью партизан осуществлял Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД; начальник штаба П. К.
Большое внимание уделялось систематическому снабжению партизан оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, медикаментами и др., эвакуации авиацией тяжелораненых и больных на «Большую землю». В 1943 только Авиацией дальнего действия и Гражданским воздушным флотом было совершено свыше 12 тыс. самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).