На первом этапе революции шотландские пресвитериане — ковенанторы (т. н. виггаморы) выступали в союзе с английским Долгим парламентом против короля. Однако в конце 1647 верхушка шотландского пресвитерианского дворянства, боявшаяся углубления революции, заключила тайное соглашение с королём, по которому (в обмен на согласие Карла сохранить в Ш. пресвитерианство) обязалась поддержать его в борьбе против английской революционной армии. Вступившая в Англию шотландская армия была в августе 1648 разбита войсками О. Кромвеля при Престоне. Казнь Карла I (январь 1649) и провозглашение в Англии индепендентской республики были враждебно встречены пресвитерианской верхушкой Ш. В феврале 1649 шотландский парламент провозгласил королём (под именем Карла II) сына казнённого Карла I. Карл II был вынужден принять «Национальный ковенант» и ряд других условий, ограничивавших его власть. Попытка маркиза Монтроза произвести в начале 1650 переворот, который позволил бы Карлу II занять престол без принятия условий, потерпела неудачу; Монтроз был казнён. Роялистская опасность, грозившая английской республике из Ш., была использована правящими классами Англии для полного подчинения Ш. В июле 1650 армия Кромвеля вторглась в Ш. и 3 сентября нанесла поражение шотландским войскам при Данбаре. Ровно через год шотландская армия под командованием Карла II, вторгшаяся в пределы Англии, была полностью разгромлена в сражении при Вустере. К маю 1652 вся Ш. была занята английской войсками. В апреле 1654 ордонанс Кромвеля официально закрепил объединение Ш. с Англией.