С конца 15 — начала 16 вв. в Ш. (преимущественно в наиболее развитых городских кантонах и некоторых союзных землях) происходил процесс разложения феодальных отношений. Возникали капиталистические мануфактуры в текстильном производстве, книгопечатании, производстве бумаги (Базель, Женева, Берн, Цюрих). На товарно-предпринимательской основе были организованы в ряде мест виноградарство и виноделие. Товарный характер приобрело молочное животноводство. Но развитию новых отношений препятствовали политическая раздробленность, отсутствие покровительства промышленности со стороны патрицианско-цеховых властей городов, система военного наёмничества, отвлекавшего население от производительного труда, наличие феодального землевладения. В городах шла борьба между городскими землевладельцами и патрициатом, ремесленными цехами и нарождавшейся буржуазией. Крестьянство выступало против феодалов, а также против городов, эксплуатировавших сельскую округу. Обострившаяся в начале 16 в. социальная борьба способствовала возникновению реформационного движения (см.
Почти повсеместно крестьянские выступления были поддержаны городским плебейством, часто возглавлявшимся
Протестантские кантоны во 2-й половине 16—17 вв. переживали экономический подъём. Этому способствовали приток в Ш. протестантов-эмигрантов из католических стран (особенно из Франции), с переселением которых в Ш. началось развитие новых отраслей промышленности (в частности, производство часов), а также неучастие Ш. в опустошительной Тридцатилетней войне 1618—48. По Вестфальскому миру 1648 самостоятельное государственное существование Швейцарского союза получило международное признание.
Страну раздирали внутренние религиозно-политические распри. Заключение в 1586 католическими кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден, Люцерн, Фрейбург, Цуг, Золотурн) сепаратного союза для защиты католицизма привело по существу к разделению страны на католический и протестантский блоки. Столкновения между ними, отражавшие в религиозной форме стремление буржуазных элементов экономически развитых кантонов изменить устаревшее государственное устройство Ш., обеспечивавшее политическое господство отсталым католическим кантонам, принимали форму открытых войн (например, т. н. 1-я и 2-я Вильмергенские войны, 1656, 1712). Против патрицианско-цеховых олигархий, захвативших власть во многих городских магистратах и стремившихся сохранить отсталые социально-политические порядки, выступало эксплуатируемое крестьянство городские округи (крупнейшее восстание —