После прихода к власти военного правительства Аббуда осложнилось положение на Юге С. Население этого района по-прежнему не получило прав, которые учитывали бы его национальные, религиозные и социально-экономические особенности. Империалистические круги всячески подогревали сепаратистские настроения Юга страны. Националистическое движение, принявшее вооружённый характер, подавлялось войсками правительства. В 1963 в эмиграции возникла партия Судано-африканский национальный союз (САНУ), выражавшая интересы южносуданских националистических кругов. На Юге С. была создана антиправительственная военно-политическая организация «Анья-нья». Реакционная внутренняя политика правительства Аббуда вызвала широкое народное движение, начавшееся 21 октября 1964 и приведшее к свержению диктатуры Аббуда. В правительство Объединённого национального фронта, созданного по инициативе СКП, наряду с представителями буржуазно-помещичьих партий (получивших около 80% мест в Учредительном собрании) вошли прогрессивные силы, включая СКП. Однако процесс демократизации был сорван правыми партиями. В декабре 1965 в С. к власти пришёл реакционный блок буржуазно-помещичьих и феодально-племенных кругов. 25 мая 1969 в результате революционного переворота, осуществленного офицерами-патриотами суданской армии, поддержанными др. прогрессивными силами, реакционный режим был свергнут. В состав пришедшего к власти Революционного совета во главе с генерал-майором Джафаром Нимейри и правительства вошли революционно-демократические деятели и коммунисты. Страна стала называться Демократической Республикой Судан (ДРС). На основе антиимпериалистической революционно-демократической программы нового режима осуществлен ряд социально-экономических реформ: национализация иностранных компаний, экспроприация собственности феодально-племенной верхушки, ряд мер по демократизации государственного аппарата. 9 июня 1969 объявлено о решении правительства предоставить южным провинциям ДРС автономный статут. Во внешней политике ДРС проводила активный антиимпериалистический курс. Расширились отношения с социалистическими странами. Были установлены дипломатические отношения с ГДР, ДРВ, КНДР; ДРС признала Временное революционное правительство Южного Вьетнама. Однако прогрессивное развитие ДРС затруднялось вследствие подрывной деятельности реакционных и империалистических кругов. С 1969 усилилось сепаратистское движение на Юге ДРС; продолжались военные действия между южносуданскими сепаратистами и правительственными войсками. Усилились разногласия в рядах демократических сил о путях дальнейшего развития страны. Особенно тяжёлые последствия имели события 19—22 июля 1971, в ходе которых группа левонастроенных офицеров попыталась совершить государственный переворот и отстранить Нимейри от власти. Участники этой попытки подверглись жестоким репрессиям. По обвинению в поддержке этой попытки были казнены некоторые руководители СКП, в том числе генеральный секретарь СКП А. X. Махджуб. Под влиянием усиливших свои позиции правонационалистических сил, в том числе сторонников прозападной ориентации, был взят курс на поощрение частного сектора и иностранных капиталовложений. Активизировались связи с капиталистическими странами (США, ФРГ, Великобританией и др.) и с монархическими арабскими государствами; развитие отношений с другими арабскими государствами и социалистическими странами затормозилось. После 1971 был отменен ряд принятых в 1970 решений о национализации собственности некоторых иностранных и суданских фирм.
В феврале 1972 было подписано соглашение между правительством ДРС и руководителями южносуданского вооружённого движения о прекращении военных действий и урегулировании проблемы Юга. В 1972 принят закон о предоставлении Югу С. автономии в рамках единого Ёуданского государства. В декабре 1973 сформировано первое правительство Южного С. В январе 1972 состоялся учредительный, а в январе 1974 собрался 1-й национальный конгресс Суданского социалистического союза (ССС) — единственной разрешенной в ДРС политической организации. Программные документы определяют ССС как организацию «союза трудовых сил народа — крестьян, рабочих, интеллигенции, и солдат».