В 60-х гг. 19 в. усиливается приток разночинцев в У., в которых стали распространяться идеи революционных демократов. Студенческие волнения конца 50 – начала 60-х гг. ускорили проведение университетской реформы. В период буржуазных реформ 60-х гг. новыми уставами российского У. (1863) и Дерптского университета (1865) восстановлена университетская автономия. У. становятся более самостоятельными в административном и хозяйственном отношении. Начали создаваться студенческие научные кружки. В У. впервые были допущены женщины-вольнослушательницы. Устав 1863 предусматривал в У. по 4 факультета: историко-филологический, физико-математический, юридический и медицинский. Петербургский У. имел факультет вост. языков, но не имел медицинского. В Дерптском открыт богословский факультет для подготовки пасторов евангелическо-лютеранской церкви. В 1865 статут У. и название Новороссийского получил Ришельевский лицей (Одесса) с факультетами историко-филологическим, физико-математическим и юридическим (медицинский факультет возник в 1900). В 1869 Варшавская главная школа, создана в 1862, преобразуется в рус. Варшавский университет. Он предназначался для детей рус. администрации, а также для польск. молодёжи, чтобы отвлечь её от поступления в Краковский и Львовский У., находившиеся на территории Австро-Венгрии.
в 80-е гг. начались по существу с нового устава У. 1884, который был введён, несмотря на протесты большинства профессоров и студентов. У. были отданы полностью под контроль министерства народного просвещения. Конец 19 – начало 20 вв. отмечены революционными выступлениями студенчества, недовольством либеральной профессуры. У. оказались в центре Революции 1905–07. В них началась всеобщая студенческая забастовка. У. становятся местами массовых митингов. Революция ускорила политическую дифференциацию студентов. Они делятся на партийные группировки, большей частью мелкобуржуазные. С поражением революции У. лишаются завоёванных уступок, в них восстанавливается реакционный устав 1884, ликвидируются академические свободы. В последующие годы шла ожесточённая борьба царского правительства со студенческими выступлениями, с передовой профессурой. В 1911 министр народного просвещения Л. А.