Особое внимание Коммунистическая партия уделяла улучшению политико-воспитательной работы в войсках. ЦК ВКП (б) 27 и 29 июня принял решения о дополнительной мобилизации на фронт коммунистов и комсомольцев. За первые 3 месяца свыше 95 тыс. коммунистов и комсомольцев ушли на фронт политбойцами. Для укрепления рядов политсостава было мобилизовано 47 тыс. руководящих партийных, советских, профсоюзных и комсомольских работников. Всего в ряды Вооруженных Сил за первые полгода войны влилось свыше 1100 тыс. коммунистов. 16 июля 1941 Президиум Верховного Совета СССР издал указ о реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Красной Армии, который с 20 июля был распространён на ВМФ. Были созданы политические управления и отделы в объединениях и соединениях; в полках, дивизиях, корпусах, штабах, военно-учебных заведениях и учреждениях вводились должности военных комиссаров, а в ротах, батареях и эскадронах — политруков. К концу года должности военных комиссаров были введены в батальонах и дивизионах. Комиссары и политруки вместе с партийными и комсомольскими организациями вели большую политическую работу, воодушевляя воинов на борьбу с фашистскими захватчиками. Часто в тяжёлой обстановке боя личным примером храбрости они увлекали бойцов на ратные подвиги. В частях был введён институт назначаемых парторгов вместо избиравшихся секретарей партийных организаций. Коммунисты и комсомольцы являлись той силой, которая сплачивала личный состав частей и соединений в тяжёлых боях. Для пополнения рядов партии были значительно облегчены для фронтовиков условия приёма в партию и упрощён его порядок. Если за первое полугодие 1941 было принято в кандидаты партии 27 тыс. чел., то во втором полугодии — 126,6 тыс. чел. К концу 1941 в Вооруженных Силах насчитывалось 1,3 млн. коммунистов и 1,7 млн. комсомольцев.
В тылу страны широко развернулось формирование новых соединений. С 22 июня по 1 декабря 1941 в действующую армию были направлены 291 дивизия и 94 бригады: из внутренних военных округов — 70 дивизий, с Дальнего Востока, из Закавказья и Средней Азии — 27, вновь сформированных — 194 дивизии и 94 бригады. 1 октября 1941 было введено всеобщее обязательное обучение населения военному делу (всевобуч), которым за годы войны было охвачено свыше 9,8 млн. чел.
Ещё 23 июня для стратегического руководства Вооруженными Силами создаётся Ставка Главного командования (председатель С. К. Тимошенко). 10 июля она преобразуется в Ставку Верховного командования, в состав которой первоначально вошли И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов, С. К. Тимошенко, С. М. Буденный, К. Е. Ворошилов, Б. М. Шапошников, Г. К. Жуков. 19 июля И. В. Сталин назначается народным комиссаром обороны, а 8 августа — Верховным главнокомандующим Вооруженными Силами СССР. С этого времени Ставка стала именоваться