«Свыше трех тысяч местных жителей, отрекшихся от ислама, во время дружбы с гяурами, пали под ятаганами янычаров у дворца анапского паши. Остальных погрузили на турецкие корабли. Люди в трюмах стояли так тесно, что никто из них не мог даже сесть. Перед уходом из Анапы воины ислама истребили все сады и виноградники, и колодцы забили тюками овечьей шерсти и засыпали землей, чтобы русским не досталось ни домов, ни плодов земли, ни чистой воды, которой славилась Анапа.
Когда турецкие суда ушли далеко в море, за их кормой еще долго багровело огненное зарево – это горела Анапа».
Город Анапа был восстановлен и заселен семьями военных, переселенцами – колонистами.
В 1830 году была построена Черноморская береговая линия укрепления заняли все устья речек и рек, для того, чтобы не давать пристанища турецким судам, привозившим горцам оружие и порох.
В 1836 году Анапу описал участник поездки Кавказского наместника графа М.С. Воронцова из восточных берегов Черного моря на корвете «Ифигения».
«Анапа имеет вид большой малороссийской деревни. Дома большею частью мазанки, покрыты камышом; улиц почти нет и жилье разбросано по азиатскому образцу, там и сям. Для турецкого коменданта сильно пострадал от нашего флота во время осады и теперь пуст. Жители отправляются с конвоем брать воду в речке Анапе, в расстоянии двух верст от крепости. Крепостные лошади пасутся за крепостью под прикрытием пушки».
В сентябре 1837 года во время путешествия по Кавказу Анапу посетил император Николай I. В июле этого года М.Ю. Лермонтов, переведенный в Нижегородский драгунский полк, писал своей бабушке Е.А. Арсеньевой: «Эскадрон нашего полка, к которому барон Розен велел меня причислить, будет находиться в Анапе на берегу Черного моря при встрече государя, тут же, где отряд Вельяминова. Пришлите мне денег, милая бабушка, на прожитье здесь мне достанет, а если вы пришлете поздно, та в Анапу трудно доставить».
В августе 1843 года об Анапе писал побывавший там барон А. фон Гакстгаузен: «Местечко это жалко, не обстроено, и только новые дома русских чиновников и офицеров напоминают некоторый европейский комфорт. Здешний комендант поручик фон Рот развел себе красивый садик. Между его гарнизонной командой находилось также около 100 черкесов, составляющих отряд, который он приучил к порядку своего рода. Это были частью волонтеры, частью пленные, определившиеся на службу. Они были люди красивые, невысокого роста, немногие из них выше среднего; стройные нежные, но нервные. Господин фон-Рот приказал показать нам несколько упражнений в их конских ристалищах. Удивительная легкость лошадей, необыкновенной проворство всадников, рыцарское вооружение и одежда представляли оригинальное и прекрасное зрелище».
В 1846 году Анапа стала городом.
Во время Крымской войны 1853–1856 годов, когда Черноморская береговая линия была снята из-за блокады, Анапа ненадолго оставлялась русскими войсками. Крепость взорвали 25 мая 1854 года, войска ушли на Кубанскую линию. Развалины Анапы стали турецким военным лагерем. Туда приезжали французские, английские и турецкие офицеры, призывая горцев к борьбе против русской армии. 10 июля 1856 году Анапу вновь заняли русские войска.
В марте 1860 года города Анапа и Новороссийск были упразднены. Анапа стала поселком, но ненадолго – с 1866 года Анапа – город-курорт.
Во второй половине XIX – начале XX века Анапа – в составе Темрюкского отдала Кубанской области.
Курортное строительство в Анапе началось в конце XIX века. Первый санаторий доктора В.А. Будзинского был открыт в 1898 году, в 1902 году при нем открылась грязелечебница. С начала XX века Анапа – известный морской курорт с великолепными пляжами, теплым морем и солнцем. Общество по изучению Черноморского побережья Кавказа писало в 1916 году о курорте: