По уходу эскадры турки вновь заняли Анапу и начали ее восстановление. Через год вернувшихся турок вновь без особого труда выбили русские войска.
В крепости был оставлен полутора тысячный гарнизон.
Горцы постоянно тревожили русские отряды, и крепость восстановили.
В 1811 году герцог де-Ришелье из Анапы взял крепость Суджук-Кале. Тогда же был заложен город Новороссийск.
По указу 1811 года Анапа была причислена к разряду второстепенных крепостей; в крепости был поставлен Анапский полк.
Турки особенно упорно настаивали на возвращении им Анапы и Поти. Приближавшаяся война с Наполеоном вынудила Россию уступить. 16 мая 1812 года по Бухарестскому миру Анапу вернули туркам, вновь разрушив.
После очередного разрыва России и Турции началась очередная военная кампания. Военную группировку, созданную для взятия Анапы возглавил вице-адмирал А.С. Грейг. Сухопутным Таманским отрядом командовал генерал-адъютант А.С. Меньшиков. 2 мая эскадра из 20 судов встала на Анапском мысу. Парламентеры предложили туркам сдать крепость, последовал отказ. 3 мая к Анапе подошел Таманский отряд, состоявший из четырех батальонов, егерей и артиллерии. Гарнизон Анапы насчитывал около 6000 человек, у крепости собралось 8000 горцев, 5000 воинов было в Таманском отряде.
Началась перестрелка русского отряда с гарнизоном. 6 мая морская пехота с эскадры А.С. Грейга высадилась на берег. 7 мая началась бомбардировка крепости, по которой было произведено 8000 выстрелов. Анапа отвечала огнем; потом на эскадре насчитали 250 повреждений, было убито 6 матросов. В крепости было разрушено много зданий, но бастионы стояли. Началась осада Анапы.
Корабли постоянно бомбардировали крепость, мешая обороняющимся, перехватывали суда, идущие из Турции с помощью гарнизону; были уничтожены несколько турецких кораблей с войсками, взято в плен более тысячи турок.
Осадный отряд готовился к штурму, установил батареи и сделал редут. Русским постоянно мешали горцы, из крепости несколько раз выходили янычары. Таманский отряд вынужден был построить укрепленную линию, обеспечивавшую тыл осаждающих от нападений горцев. Часть корабельных пушек свезли на берег и поставили новую мощную батарею, также ставшую обстреливать крепость.
28 мая в 4 часа утра большой турецкий отряд вышел из крепости и напал на русские полки. С тыла бросились черкесы. Русские встали в несколько каре, отбились, отбросили горцев и отрезали турок от крепости. Из полутора тысяч турок осталось в живых меньше пятисот человек. Турки больше не выходили из крепости, а русские войска поставили третью батарею из 8 корабельных пушек 3 июня.
10 июля все было готов к штурму. А.С. Грейг вновь послал парламентера с предложением о сдаче Анапы. 12 июля комендант Сефир-бей сдал крепость на следующих условиях:
«Гарнизон крепости сдается военнопленным и будет отправлен в Россию.
Паше и чиновникам дозволяется сохранить оружие, прочее же оружие должно быть сложено в том месте, где будет назначено.
Частная собственность, исключая оружие, остается неприкосновенной, но все казенное имущество должно быть выдано.
Жителям, которые пожелают остаться в крепости будет оказано всякое покровительство».
В полдень 12 июня на стенах был водружен русский флаг. В крепости были взяты трофеи: 66 медных пушек, 11 чугунных пушек, 3 единорога, 3 фальконета, 17000 ядер, 3000 гранат, 3200 ружей, 163 пистолета, 2000 сабель, ятаганов и кинжалов, 114000 патронов, 1890 пудов пороха, большие запасы продовольствия. В плен взято 120 офицеров и 4000 солдат, знамена.
После окончания военных действий Анапа по Адрианопольскому миру вошла в состав Российской империи.
Часть горских племен ушла в Турцию. Турецкая летопись фиксировала: