Началось развитие курортов Пятигорска и Кисловодска. Был построен канал для вывода реки Ольховки в реку Березовку, затоплявшей временами источник Нарзан. С 1798 года существовал и редут Ессентукский.
Императорский указ раз и навсегда признал за Кавказскими минеральными водами выдающееся государственное значение – они стали государственным достоянием, были включены в круг ведения медицинских учреждений империи, поставлены под правительственный контроль.
На воды был назначен главным врачом доктор Сахаров, но его деятельности помешала чума, занесенная из Черкесского аула, свирепствовавшая в регионе до начала 1808 года. Посетивший новые курорты известный естествоиспытатель-ориенталист Клапрот в 1807 году писал: «Как мало забот прилагается к содержанию и лучшему устройству столь целебных минеральных источников, которые могли бы приносить большую пользу, если бы их больше знали и если бы пользование ими сопряжено было с каким-либо удобством. Ванна чрезвычайно узка и едва достаточна на шесть человек, между тем воды, бьющей из источника, хватило бы по меньшей мере на сорок». Чума, распространившаяся по всему Кавказскому краю прекратила приезд отдыхающих и больных на воды, сделав невозможным и дальнейшее развитие курортов – до 1808 года.
В 1809 году у главного источника Горячей горы, в Пятигорске, были выстроены две новые купальни с одной деревянной ванной в каждой, а в следующем году уже четыре ванны. Количество семей, приехавших в эти годы на воды доходило до 200. Будущий Пятигорск стал называться Горячегорском.
В 1809–1810 годах на Кавказских Минеральных водах находился известный врач Ф.П. Гааз, описавший ряд новых источников у горы Машку, подробно исследовал уже известные. По его просьбе точные анализы минеральных вод провел профессор Московского университета Рейс. Главной заслугой Газа было открытие Железноводских и Ессентукских источников.
Путеводитель по Кавказским Минеральным водам писал в 1904 году: