К началу февраля 1921 г. наши части закончили сосредоточение и 15-го числа было начато наступление на Денау через ущелье Банды-Хана в обход горных перевалов. Шедший во главе колонны 1-й Туркестанский кавполк, сделав за два дня пробег в 120 верст, налетел на сосредоточенные у Байсуна силы эмира и лихой атакой выбил противника из города. Разбитые части басмачей бежали в северо-восточном направлении.
Через Юрчи, Сары-Ассия, Каратаг и Гиссар красные бойцы 21 февраля подошли к Душанбе. Эмир, находившийся в нем (до 20 февраля), бежал с частью отряда через Бальджуан в Куляб. Большая же часть басмачей отошла на Курган-Тюбе. Преследуя эмира, наши части заняли Файзабад и Курган-Тюбе, а 15 марта и Куляб.
Эмир скрылся в Афганистане, но борьба с его шайками продолжалась. 1-й Туркестанский кавполк, ликвидируя остатки приверженцев эмира в Каратегине, прибыл в Гарм, преодолев на своем пути ряд снежных горных перевалов.
Шайки противника, рассыпавшись, продолжали налетами беспокоить наши части и грабить мирное население. В начале мая вспыхнуло восстание в районе Бальджуан – Куляб. Борьба с восставшими была сопряжена с величайшими трудностями. Приходилось пробираться по горным тропинкам, по отвесным кручам. Решающий бой разыгрался на линии бурной и опасной реки Вахш. Переправу через эту реку пришлось проводить на козьих мехах, надутых воздухом («гупсары»), под огнем противника, засевшего на противоположном берегу. Эти трудности не могли сломить порыва красных кавалеристов, и они, перебравшись, выбили басмачей с их скалистой позиции.
Не успели красные части ликвидировать Кулябское восстание, как в Каратегине вспыхнул мятеж, руководимый Ишан-Султаном и Максум-Файзуллой. Походом в Дарваз по неприступным скалистым тропинкам и балконам, боями у Бальджуана, борьбой с басмачами Гузарского района и с целым рядом других шаек заканчивается период изгнания эмира из Бухары. Гиссарская экспедиция (общее название этой операции) была первой попыткой красных частей проникнуть в горную Бухару. За это время бойцы показали беспримерную выносливость и энергию, наравне с неослабным стремлением добить врага.
В то же время эта экспедиция выявила целый ряд организационных недочетов, а равно и неналаженность снабжения и транспорта; кроме того, сказалась недостаточная подготовка бойцов для работы в горной обстановке.
Части экспедиционного корпуса, в силу оторванности от базы, плохих дорог, неналаженности снабжения и отсутствия дензнаков, вынуждены были жить реквизицией. Это вызвало недовольство жителей, которым воспользовались эмиссары эмира, беки и муллы, поднявшие народ против русских. Восстанию коренного населения сильно способствовало влияние панисламистов, сторонников Афганистана. Все это повело к развитию бандитизма и к целому ряду восстаний в Восточной Бухаре. Недостаток питания, большие потери в боях и от малярии вынудили командование в сентябре постепенно отводить части экспедиционного корпуса в район Душанбе для отдыха и приведения в порядок. Но и здесь войска оказались в чрезвычайно тяжелом положении в отношении продовольствия и размещения.
С наступлением холодов прибавился кризис топлива. Шайки повстанцев до 10 000 человек, окружившие город, затрудняли подвоз и снабжение настолько, что наши фуражировочные отряды, даже в непосредственной близости от Душанбе, подвергались нападению и зачастую возвращались ни с чем. В декабре зам. военназира Али-Риза – турецкий офицер, командовавший отрядом милиции в Душанбе, перешел на сторону восставших и изменчески напал на гарнизон. Почти одновременно к востоку от реки Сурхан вспыхнуло восстание, одним из руководителей которого был ширабадский военназир Хасанов. Наш погранэскадрон вынужден был очистить Кабадиан и отойти к Термезу. Восстание в январе перекинулось на правый берег Сурхана и начало широко распространяться.
В районе Денау сосредоточилась шайка до 1000 человек, отрезавшая наш отряд от базы.
Продавленное в январе РВС фронта настойчивое требование к бухарскому правительству принять более широкие меры помощи о снабжении частей Красной армии в Душанбе свелось только к обещанию выполнить все необходимое в месячный срок, но при условии наличия достаточных материальных и технических средств, которыми оно фактически не располагало.
Наши части были оттянуты на линию Ширабад – Термез – Байсун. Сосредоточение душанбинского отряда в районе Байсуна облегчало подготовку следующим операциям, а выдвижение части войск на Ширабад, для связи с Термезом, позволяло приступить к занятию переправ по Аму-Дарье и тем прекратить связь восставших с афганской территорией.
Басмачество, сочтя наш отход признаком слабости и сопоставив это обстоятельство с политикой мирных переговоров в Фергане, еще более усилило свою деятельность. Опять был брошен в широкие массы населения лозунг панисламизма, вновь религиозная, фанатическая ненависть к иноверцам начала разжигаться ишанами и муллами.
На фоне всех этих событий появилась новая крупная фигура в рядах наших противников – Энвер-паша – зять Халифа, священная особа для всех правоверных.