В ночь на 15 июня выступление началось. Части 5 стр. полка, сбив сторожевое охранение, перешли в наступление на Кафрюн. Конница Энвера, появившаяся на высотах, по-видимому, с целью восстановить полосу охранения, отошла под непрекращавшимся нажимом нашей пехоты. К 7 часам утра красные части уже подходили к Кафрюну, у которого столпились конница и обозы противника. К этому же времени наши кавчасти, успешно заняв проход Банды-Хана, продвинулись вперед, и первый кавполк, развернувшись, атаковал басмачей у окраины Кафрюна. Лихая атака не была принята, и враг, дрогнув, поспешно бежал через ущелье Танги-Муш, оставив на поле боя до 200 трупов. В наши руки попала Ставка Энвера, транспорт с патронами и товарами и около 20 пленных.
Благодаря тому что замедлилось движение колонны, направленной для отрезывания путей отхода, противнику удалось уйти сравнительно безнаказанно. В неотступном преследовании противника были заняты кишлаки Кафрюн, Сары-Камыш и Пули-Хаким. Загнав противника за Тупаланг-дарью, при переправе через которую погибло много басмачей, красная конница на этом приостановила свое преследование, т. к. необходимо было подтянуть тыл и закрепить захваченное пространство.
Спешивший на выручку Энвера Ибрагим-бек, с 2000 всадниками, подоспел только к моменту беспорядочной переправы энверовских частей через Тупаланг-дарью и… повернул обратно.
Одновременно 15 июня начала свое наступление и правая колонна. Для выполнения своей задачи колонна была разделена на две части: один отряд двигался по берегу Аму-Дарьи, причем пароход «Черняев», с десантом силою в одну роту, обеспечивал правый фланг от возможного выступления со стороны Афганистана; второй отряд шел на Кабадиан. К 22 июня оба отряда, после ряда стычек, соединились у Кабадиана, который был без боя оставлен противником. Занимавший город Хасанов заблаговременно отошел, а наскоро сформированный отряд кабадианского бека разбежался при первом же появлении красных частей.
Весь этот поход велся только пехотой, ибо кавалерийская бригада, не успев своевременно закончить свое сосредоточение, догнала отряд только к моменту захвата Кабадиана. На своем пути части правой колонны перенесли все трудности похода в горной обстановке. Особенно тяжелы были переправы через горные реки. Бурным течением и камнями, катящимися по дну, вырывались жертвы из наших рядов.
Таким образом, в недельный срок первый намеченный рубеж был захвачен и переправы через Аму-Дарью оказались в наших руках. Значение этого успеха было громадное. Репутация непобедимости Энвер-паши сильно пошатнулась. В рядах его помощников возникли сомнения и раскол. Ибрагим-бек, и раньше с трудом согласившийся признать командование Энвер-паши, теперь окончательно перестал считаться с его указаниями и начал действовать самостоятельно.
Вера в успех была уже потеряна. Надежды на создание халифата исчезали, особенно важно было то, что от Энвера отшатнулись, поддерживавшие его до тех пор афганцы.
Пытаясь восстановить свою репутацию и нанести удар красным частям, Энвер-паша в конце июня обрушился со своим отрядом на предмостное укрепление по реке Сурхан. Укрепление это было подготовлено частями левой колонны на случай дальнейшего продвижения и оборонялось одним батальоном 5-го стрелкового полка. Ряд атак, лично руководимых Энвером, были отбиты нашими стрелками. На поддержку двинулись части 5-го полка и 29 июня у переправы сосредоточился уже весь полк. Стрелки, при содействии артиллерийского огня, форсировали реку Сурхан и обошли позицию противника. После упорного боя, в котором басмачи потеряли 165 человек убитыми, Энвер спешно отступил.
1 июля по армии был отдан приказ об общем дальнейшем наступлении.
Части левой колонны того же числа заняли Каратаг. 2-го разыгрался крупный бой в районе Гиссара, в котором противник потерял 200 человек убитыми и ранеными. Басмачи отошли, преследуемые нашими аэропланами, сбрасывавшими бомбы.
14 июля был занят Душанбе, причем противник оказал слабое сопротивление. Захват Душанбе резко повлиял на энверовские части, в смысле их разложения. Сам Энвер-паша, с Давлет-Манбием и со своими афганцами, ушел в Бальджуан, сжигая по пути посевы и уничтожая переправы. Ибрагим-бек скрылся в Локайском районе (долина Яван), каратегинский бек со своей шайкой ушел в направлении на Гарм.
Сказалось значение Душанбе как узла горных дорог, по которым только и можно разойтись в Восточной Бухаре. Втягивание в горы дальше на восток означало бы невозможность перемены направления для отдельных отрядов.
Попытка Энвера уйти в Афганистан по следам эмира не удалась, ибо пути на юг были отрезаны частями нашей правой колонны. Разыгрался бой у Бальджуана. Выбитые оттуда части Энвера во главе с ним отошли на Ховалинг.
Ряд ожесточенных боев, в которых участвовали все силы Энвера, приводят басмачей к окончательному поражению и вынуждают их к дальнейшему отходу.