Черноморцы теряли свои западные базы не столь стремительно, нежели балтийцы, но зато они потеряли почти все. Спецификой военного судоремонта на Черном море являлось то, что он почти всегда производился параллельно с эвакуацией предприятий. Сначала так было в Одессе, где корабли в основном ремонтировались заводом им. Марти наркомата Морского флота (НКМФ) и заводом № 2 Черноморского пароходства, но во второй половине августа они практически прекратили функционировать. Тогда же были мобилизованы небольшие учебные мастерские Одесского института инженеров водного транспорта вместе с двадцатью квалифицированными работниками, которых приписали к флотскому полуэкипажу. В этих условиях за время обороны города провели ремонт свыше 50 кораблей, кроме того, выполнен ряд отдельных неотложных работ на 180 кораблях и объектах береговой обороны, оказывалась также помощь армейским частям.
Главная база Черноморского флота — Севастополь, будучи, по существу, передовой базой, одновременно выполняла функции и тыловой базы, куда приходили или приводились на буксирах для ремонта корабли, получившие повреждения. Сюда же перевели недостроенные корабли из Николаева для достройки или консервации. Здесь же переоборудовались и вооружались мобилизованные суда гражданских организаций и выполнялся ряд специальных заданий, вроде оборудования плавучих батарей ПВО.
Вследствие непосредственной угрозы Главной базе Черноморского флота со стороны противника в сентябре — октябре приняли меры к свертыванию планового судоремонта на севастопольских предприятиях и форсированию работ по аварийным кораблям для возможности перевода их в порты Кавказского побережья. Большинство этих работ закончили к концу октября — началу ноября. В первых числах ноября в связи с общей военной обстановкой в районе Севастополя приняли решение о вывозе предприятий, и прежде всего завода № 201, на Кавказ.
Для выполнения неотложных работ по аварийному судоремонту, а также для изготовления вооружения и боеприпасов в Севастополе оставили размещенный в штольнях филиал завода № 201 и автономную электростанцию. Работы протекали бесперебойно и велись круглосуточно, количество рабочих и служащих достигало 700 человек. Мастерская выполняла главным образом заказы фронта и работала вплоть до падения города.
Из 6937 работников Севморзавода вывезли более 4500 человек. Правда, далеко не все они попали к новому месту дислокации завода. К сожалению, из-за слабого руководства наркомата судостроительной промышленности (НКСП) эвакуация прошла недостаточно организованно, некомплектно, с большой потерей рабочей силы.
Первоначально, в декабре 1941 г., его основной новой производственной площадкой стал завод им. Дзержинского в Туапсе, который к тому времени передали из НКМФ в НКСП. Одновременно в Туапсе в ведение НКСП передавали территорию демонтируемого нефтеперегонного завода и часть оборудования теплоэлектроцентрали. Однако оборудование на новом месте монтировалось медленно, и в марте 1942 г. завод еще не вышел на плановые показатели. К тому же во втором квартале 1942 г. начались интенсивные бомбардировки Туапсе, а во второй половине 1942 г. противник вышел к побережью в районе Новороссийска. По этой причине завод № 201 вторично эвакуировали, на этот раз в Поти и Батуми. К тому времени в Поти уже находились вывезенные из Севастополя судоремонтные мастерские, которые сначала размещались на территории мастерских НКМФ, которые передали ВМФ.
Для размещения завода № 201 и мастерских тыла флота в Поти использовали находившиеся в районе причальных стенок корпуса складов и мастерских Черноморского пароходства и других организаций, а также ввели в эксплуатацию корпуса мастерских строившейся Потийской ВМБ. Филиал завода № 201 организовали в Батуми, разместив его цеха в складских помещениях порта у причалов и в корпусах небольшого заводика, в мирное время выпускавшего оборудование для переработки чайного листа. Для двух плавучих доков сделали котлованы в гаванях Поти.
Размещение завода и мастерских в случайных помещениях вызвало большие трудности с организацией в них производства. В цехах отсутствовали механизация и крановое хозяйство, а сами цехи были разбросаны по территории порта и города и находились далеко друг от друга. Особые затруднения в первое время вызвала недостаточная энергетическая база в этих портах, потребовался ряд срочных мероприятий по дооборудованию районного энергетического хозяйства и организации собственной дизельной станции.