3 октября к Анконе подошел австрийский генерал Фрерлих с 8-тысячным корпусом, тот самый, который потерпел поражение у Рима от генерала Гарнье. Новый «союзничек» не нашел ничего лучше, чем поссориться с Войновичем и Лагоцем. Австрияк вовсю страдал от уязвленного самолюбия — после подписания секретных кондиций между Трубриджем и Гарнье он решил еще раз атаковать французский гарнизон, уходивший из Рима, надеясь, что застанет французов врасплох, однако гренадеры Гарнье в классической штыковой повторно наподдали наглецу и обратили австрияков в бегство. Под Анконой Фрерлих надеялся загладить свои римские неудачи
[88]. Австрийский генерал тайно вошел в переговоры с комендантом Анконы — генералом Монье и пообещал французам выпустить гарнизон с оружием и воинскими почестями. Войнович, прознавший об этом, предложил Фрерлиху окончить дело штурмом, но тот отказался. Ночью 2 ноября 1799 года французский гарнизон сдался лично генералу Фрерлиху. Австрияки оцепили гавань, не допуская туда итальянцев и русских, пока французы спешно грузились на корабли. Разгневанный Войнович требовал пропустить его к
24 августа 1799 года Бонапарт на фрегате «Мюирон» покинул Египет и, проскочив через все английские заслоны, высадился в Тулоне. Встреченный как спаситель нации, генерал спешил в Париж, к славе и власти.
9 ноября 1799 года во Франции произошел государственный переворот, установивший военную диктатуру Бонапарта. Будущий император Наполеон рассматривал войска, оставшиеся на Мальте и в Египте, как обузу, которая пожирала и без того скудные ресурсы. Он сразу же отписал письмо Вобуа, что если его положение будет критическим, то он будет не против, если Ла-Валетта согласится на капитуляцию, однако, поскольку все возможности обороны еще не были исчерпаны, Вобуа решил продолжить сопротивление.