6 октября русская эскадра взяла курс на следующий большой остров — Занте. Вперед были высланы все те же два фрегата под командованием Шостака, которые вступили в перестрелку с береговыми укреплениями французов. 13 октября к острову подошел Ушаков. Вечером был высажен десант из 350 русских и турецких солдат, небольшая крепость, в которой засели французы (500 человек), была блокирована. Шостак послал парламентера к начальнику гарнизона полковнику Люкасу с предложением сдаться, но оно было отклонено. Ушаков наметил штурм на 10 утра 14 октября, однако в 11 часов ночи 13 октября появился парламентер от французов с предложением обсудить условия сдачи. Русские дали согласие на почетную капитуляцию, и в 8 часов утра гарнизон вышел из крепости с развевающимися знаменами, оружием и личными вещами. По условию договора все награбленные французами ценности были оставлены в крепости. Солдатам и матросам Ушакова пришлось защищать французов, на которых очень хотели наброситься разъяренные жители острова. Не повезло тем пленникам, кто попал на суда Кадыр-бея: их сразу же заковали в кандалы и поставили гребцами на галеры, однако по просьбе русского вице-адмирала их вскоре отправили в Константинополь.
15 октября Ушаков высадился на Занте и объявил, что на этом острове подобно Цериго он предлагает всем гражданам избрать себе совет из самых достопочтенных и уважаемых островитян, который бы управлял ими. В ответ толпа начала кричать, что не хочет никакою иного правителя, кроме русского царя. Распоряжение вице-адмирала частично выплатить островитянам долги французов лишь усилило подобные настроения. С одной стороны, это, конечно, очень порадовало Ушакова, но с другой — такой поворот событий мог вбить большой клин между русскими и турками, поэтому «Ушак-паша» настоял на скорейшем формировании правительства Занте по образцу Цериго.
Победы союзников вызвали цепную реакцию — 13 октября восстали жители Кефалонии. На помощь им был отправлен отряд капитана второго ранга Ивана Степановича Поскочина в составе 72-пушечного корабля «Святая Троица», фрегатов «Сошествие Святого Духа» (46 орудий), «Счастливый» (36 орудий) и одного 44-пушечного турецкого фрегата. 15 октября Поскочин подошел к острову и высадил десант из 56 солдат для овладения городом Аргостолион. Малое количество высаженных не должно вводить в заблуждение — крепость эту уже осаждали около 6000 восставших островитян. На следующий день с кораблей на берег отправили еще 164 человека, на этот раз к крепости Ликсурион. Уже 16 октября французы оставили эти укрепленные позиции и отошли к городам Ассос и Сталамье. Возглавивший оборону Кефалонии полковник Ройе понимал, что его силы в 350 человек просто смехотворны, поэтому 17 октября сдался инсургентам. Обезумевшая толпа хотела разорвать француза заживо, но русские отбили пленных и отправили их на корабли. В Кефалонии черноморцы захватили богатые трофеи, Ушаков писал, что комендант острова
Несмотря на резвый старт, русский адмирал понимал, что основные бои еще впереди. Острова Святая Мавра (Санта-Маура) и Корфу были очень сильно укреплены, имели большое количество орудий и сильные гарнизоны. Кроме того, на Корфу присутствовали корабли французов.
Тем временем из Севастополя на помощь Ушакову была послана эскадра капитана 1-го ранга Павла Васильевича Пустошкина в составе 2 линейных кораблей (74-пушечные «Святой Михаил» и «Симеон и Анна»), бригантины «Феникс», использовавшейся как войсковой транспорт, и шхуны № 1, но к Ионическим островам соединение подошло только в конце января.
Перед штурмом Корфу Ушаков решил выбить французов с острова Святой Мавры, обладавшего довольно сильными укреплениями. Там засели 500 французских гренадеров при 70 пушках, которые решили сражаться, пока не исчерпают для этого все возможности. Еще 16 октября отряд из 74-пушечного корабля «Святой Петр», 46-пушечного фрегата «Навархия Вознесение Господне», а также турецкого линкора и фрегата под общим руководством капитана 1-го ранга Дмитрия Николаевича Сенявина отправился к Санта-Мауре, но вскоре возникли очень опасные обстоятельства. Дело в том, что Али-паша Янинский (формально — союзник России в войне с Францией) вошел в тайный сговор с комендантом острова полковником Миоллетом, предлагая сдать крепость за 30 000 золотых червонцев и свободный выход гарнизона из города в любой порт, принадлежащий Франции. Али просто хотел присоединить этот остров к своему пашалыку и получить стратегическую крепость, ограждавшую его владения от десантов с моря. Это помогло бы ему отделиться от турецкого султана и завоевать самостоятельность, но подобное развитие событий не входило в планы Ушакова.