21 октября на материке, отделенном от острова узким и мелководным проливом, были высажен десант в 160 человек при 12 орудиях, который сразу же начал бомбардировку цитадели. К концу октября количество свезенных на берег орудий достигло 30, а солдат было высажено 674 человека. Ушаков, отрядив большую часть сил на блокаду Корфу, с 4 линейными кораблями («Святой Павел», «Мария Магдалина» и два турецких) и 3 фрегатами («Сошествие Святого Духа», «Счастливый» и турецкий фрегат) поспешил к Святой Мавре. Миоллет, узнавший о столь значительных подкреплениях, пришедших к осаждающим, сообщил, что согласен на почетную сдачу, но Федор Федорович отказал ему в этой просьбе. На 1 ноября был назначен штурм крепости, однако утром над цитаделью взвился белый флаг. Гарнизон в составе 466 солдат и 46 офицеров сдался на милость победителю, в крепости были захвачены 2 знамени, 59 пушек и провианта на 2 месяца. 3 ноября была подписана капитуляция, пленных погрузили на фрегат «Сошествие Святого Духа», который отплыл к Константинополю. Ушаков же поспешил к Корфу.
24 октября эскадра Нельсона появилась у берегов Мальты. Он обнаружил, что инсургенты полностью блокировали Ла-Валетту, захватили форты Рикасоли, Коррадина, Самра, Заббар, Зейтун и Мануэль. Таким образом, крепости (Валетта, Флориана, Биргу, Санта-Анжело, Сенглея, Сент-Эльмо и Санта-Маргарита), в которых укрылись французы, оказались полностью окружены. Однако в военном деле восставшие были полные младенцы — они даже не смогли сообщить англичанам, пушками каких калибров они располагают. Нельсон отмечал, что мальтийцы, кроме всего прочего, не располагали мортирами и тяжелыми орудиями, столь необходимыми для осады таких сильных укреплений, какими являлись форты Ла-Валетты. В отличие от своего русского коллеги английский адмирал не решился на прямой штурм крепости, вместо этого он решил снабдить восставших боеприпасами и провиантом. Инсургентам были переданы 20 бочек пороха и большой запас провизии. К Вобуа были еще раз посланы парламентеры с предложением сдаться, в чем им повторно было отказано. 28 октября мальтийцы атаковали крепость на острове Гоцо, где в плен были взяты 200 французов, а также захвачены 15 пушек и немного пороха. Однако это был частный успех. Самое примечательное, что инсургенты взяли Гоцо без помощи английской эскадры, которая за все время штурма не истратила ни единого ядра. Вместо этого Нельсон начал писать письма неаполитанскому королю, призывая его прислать войска, оснащенные осадной техникой.
Можно лишь гадать, с какой тоской и злобой узнавал английский адмирал об успехах маленькой эскадры Ушакова. Ведь после Абукира на первый план перед английским флотом вышли задачи действий против берега, в чем он был традиционно не силен (не в пример русскому флоту, который во всех войнах действовал в тесном контакте с сухопутными силами и подобно французам умел брать крепости с моря). Нельсон и сам понимал, что, хотя о блокаде Мальты было громогласно объявлено еще в середине сентября, назвать действия его эскадры блокадой очень сложно. Они, скорее, походили на бессмысленные крейсирования между Египтом и Италией [79]. Страдая «осадной импотенцией», Нельсон тем не менее надеялся, что Ушаков обломает зубы о форты Корфу. Оставив на входе в Большую гавань Ла-Валетты соединение из 3 кораблей под командой кэптена Александра Болла, Нельсон ушел в Неаполь.
Крепость Корфу, построенная венецианцами и усиленная французами, считалась одной из самых мощных в Европе, сравнимой с цитаделями Ла-Валетгы. На мысе Сидеро на высоте 64 метров находилась Старая крепость, отделенная от города глубоким каналом, через который был перекинут подъемный мост. С суши город был защищен Новой Крепостью, частью вырубленной в скале, а также тремя фортами — Абраам, Сан-Роке и Сальватор, которые были соединены между собой подземными ходами. С моря Корфу прикрывала цитадель, расположенная на маленьком скалистом, господствовавшем над местностью островке Видо, где были устроены 5 батарей и центральный редут, соединенные засеками.
Гарнизоном крепости в 3700 солдат (из которых 821 человек под началом генерала Пивра находились на острове Видо) командовал генерал Шабо. Общее количество орудий, размещенных на фортах, составляло 650 единиц, гарнизон был обеспечен полугодовым запасом продовольствия. В гавани Мандракио расположились военные корабли и суда французов, среди которых стоит выделить 74-пушечный «Женерье» (тот самый, который смог убежать от Нельсона при Абукире), 54-пушечный «Леандр» и 32-пушечный «Брюн», один бомбардирский бот и 6 галер.