Фердинанд и Каролина вместе с Нельсоном и четой Гамильтонов выпекали смертные приговоры, как пирожки, — за письма против монархии была обезглавлена поэтесса и депутат Элеонора де Фонсека; Доменико Чирилло, знаменитый врач, член Законодательного собрания Неаполя, был брошен в трюм линейного корабля «Сан-Себастьян», ему предложили жизнь, если тот
«будет просить о милости у леди Гамильтон и адмирала Нельсона». Доменико отказался и был повешен на Рыночной площади 18 октября 1799 года. С ним же повешены и известные адвокаты Марио Пагано и Джиорджио Пильячели. Капитан милиции Неаполя Дженарио Сьерро ди Кассано, сдавшийся войскам роялистов под честное слово кардинала Руффо, уже на следующий день в нарушение всех подписанных договоренностей был обезглавлен около здания Ратуши.Многие «новорожденные» историки обвиняют и русские войска в репрессиях против неаполитанцев. Это не так. Вот слова посла Мишеру, приближенного короля Фердинанда:
«Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена». В письме от 24 июня Мишеру в письме Уитворту продолжает:
«Не было ни одного солдата, а тем более ни одного офицера, который оказался бы виновным в малейшем насилии или инсубординации или грабеже. Вы могли бы их видеть осыпаемыми ласками и благословениями посреди тысяч жителей, которые называли их своими благодетелями и братьями. До сих пор они показали себя самыми дисциплинированными солдатами, а в Портичи они обнаружили всю свою доблесть». Ему вторит капитан Неаполитанской гвардии Риккарди:
«Согласно подписанным пунктам капитуляции русские выпустили со всеми военными почестями всех людей гарнизона со стороны морского арсенала, где этот гарнизон сложил оружие и был посажен на суда, чтобы быть отвезенным в Тулон». Эти свидетельства убедительно доказывают, что попытки «новоисториков» обвинить русские войска в неаполитанской резне не имеют под собой никаких оснований.В конце августа на турецких кораблях, стоявших вместе с русскими на рейде Палермо, возникли волнения среди матросов, требовавших возвращения на родину. В результате 1 сентября 1799 года соединение Кадыр-бея самовольно ушло в Дарданеллы. Русские остались одни.