4 сентября Ушаков со своей эскадрой вошел на рейд Неаполя и своими глазами увидел, что озверевшие роялисты буквально залили город кровью своих жертв. Федор Федорович сразу же пишет письмо королю Фердинанду с просьбой прекратить казни:
Неаполитанский король и Нельсон решили развить наступление и захватить Рим, зная, что туда уже подходят войска австрийцев под командованием генерала Фрерлиха, однако энергичный командующий французским гарнизоном Гарнье 12 сентября разбил австрияков на подступах к Вечному городу. Ушаков высадил отряд в 1020 человек под командованием полковника Скрипора (командовал солдатами) и лейтенанта Балабина (командовал матросами).
Не желая, чтобы русские овладели Римом, Нельсон послал в Чивитавеккью коммодора Трубриджа на 74-пушечном «Каллодене» (том самом, который сел на мель при Абукире) для тайных переговоров с французами. 16 сентября Трубридж заключил соглашение с гарнизонами Рима, Чивитавеккьи, Корнето и Тольфы, согласно которому, гарнизоны оставляли крепости и с оружием и знаменами погружались на английские корабли, которые должны были их высадить в Тулоне. Ушаков заявил резкий протест Нельсону и послал в Чивитавеккью фрегат, дабы помешать расхищению ценностей. 30 сентября отряды русских совместно с неаполитанскими войсками вступили в Рим.
25 апреля 1799 года лорд Бриджпорт, крейсируя около французского Бреста с 16 кораблями, обнаружил, что из порта выходят 3 линкора. Британцы сразу же организовали преследование этого маленькою соединения, которое шло курсом на северо-запад, но это было ошибкой. Вечером того же дня, пользуясь тем, что Бриджпорт неосмотрительно увел в погоню все линкоры, из Бреста вышла эскадра вице-адмирала Брюи в составе 25 кораблей (из них один — 120-пушечный и три — 110-пушечных), 5 фрегатов, 1 флейта, 2 корветов и 2 авизо, которая была под завязку загружена продовольствием и боеприпасами. Помимо этого, на кораблях были размещены 2500 солдат и инженеров. Основной задачей соединения была доставка подкреплений армии Моро, поскольку до Директории дошли сведения о переброске русских войск под командованием Суворова в Северную Италию. Из-за поспешных действий лорда Бриджпорта англичане упустили Брюи и до конца апреля были в неведении относительно движения французов.