Но еще 12 сентября Нельсон, занятый блокадой египетской Александрии, послал к острову небольшую португальскую эскадру из 5 кораблей под командованием маркиза де Низа. Португальцы появились у стен Ла-Валеггы только 19-го и (поскольку крепость иоаннитов считалась сильнейшей в мире) ограничились дальней блокадой, которая никак не помешала французам провести в осажденный город конвои с провиантом. 23 сентября у Мальты появилось соединение Джеймса Самареза, идущее с призами, захваченными при Абукире, в Англию. Самарез временно присоединился к маркизу де Низу и послал парламентеров к Вобуа с предложением сдать крепость. Французский генерал твердо ответил «нет»
и 6 октября провел неожиданную вылазку в Нотабль, которая, правда, закончилась ничем. Англичане сгрузили мальтийским инсургентам 1062 мушкета и боеприпасы к ним, после чего отплыли в Гибралтар. Тем временем французский гарнизон, продолжая терпеть очень большую нужду в провианте, начал изгонять из Ла-Валетты коренных мальтийцев, что еще более озлобило восставших.Ушаков
Еще перед походом граф Безбородко сформулировал задачу эскадре Ушакова. 15 августа он писал Воронцову, что в связи с поражением французов при Абукире русские должны «овладеть островами венецианскими (т. е. Ионическими)»,
согласовав свои действия с действиями Нельсона, и, «охраняя берега итальянские, способствовать блокаде Мальты». Ушаков разделял эти взгляды, считая, что черноморской эскадре прежде всего нужна база в Адриатике, дабы поддержать действия армии Суворова в Италии и обеспечить бесперебойный ремонт и снабжение кораблей. 24 сентября два русских фрегата — 60-пушечный «Григорий Великия Армении» и 46-пушечный «Сошествие Святого Духа» — под флагом капитан-лейтенанта Ивана Андреевича Шостака подошли к острову Цериго, первому в цепи Ионических островов. Малочисленный гарнизон французов (350 человек) сосредоточился в крепости Капсали, защищенной высокими стенами. 28 сентября Шостак высадил десант (150 человек), который занял предместные укрепления в местечке Айос-Николаос. На следующий день к острову подошла эскадра Ушакова в составе 10 линейных кораблей, 5 фрегатов и 11 вспомогательных судов. 29-го с фрегатов «Григорий Великия Армении» и «Счастливый» у Капсали был высажен десант из 550 гренадеров и установлены две артиллерийские батареи (8 орудий). Рано утром 1 октября осажденная крепость подверглась сильнейшему обстрелу с суши и моря. Корабли вплотную подходили к стенам Капсали, становились на шпринг и вели мощнейший огонь по укреплениям французов. Французы сначала энергично отвечали, но со временем пушки форта начали замолкать одна за другой. К 12 часам дня осажденные выкинули белые флаги, а к вечеру французский гарнизон подписал капитуляцию, и русские вошли в крепость.Греческое и итальянское население острова ликовало — Ионические острова, долго принадлежавшие Венецианской республике, не знали сильных притеснений и межконфессиональной резни. Все это началось с появлением французов 27 июля 1797 года, когда генерал Жантильи захватил эти острова. Грабежи, вымогательство, контрибуции — вот неполный перечень деяний тех, кто нес на знаменах слова «Свобода. Равенство. Братство». Ситуация вскоре еще более ухудшилась — французы решили поддержать стремление к самостоятельности паши Али Янинского, правителя Эпира и Албании, и этот мусульманский изверг устроил грекам и итальянцам настоящую резню: 6000 человек были замучены, обезглавлены, уничтожены за полгода. Православных и католиков сжигали живьем, вешали, отрезали носы и уши, выкалывали глаза, раздробляли руки, ноги, половые органы, женщин насиловали и отрезали груди… Поэтому не стоит удивляться, что Ушаков, установивший на занятой территории подлинно республиканский строй и прекративший насилие над христианами, по сравнению с французами и турками казался островитянам чуть ли не богом.