Папа передал в эту коллегиальную церковь многочисленные реликвии. Самые выдающиеся хранились в великолепной монстранце — это было настоящее произведение искусства из позолоченного серебра и покрытое эмалью, с изображением ангелочков, маленьких музыкантов и дельфинов. В хрустальный диск между куском от туники и частью от савана Христа был положен шип из его тернового венца. Это был тонкий намек на трагическую смерть герцога, как и драгоценный ковчежец, где лежал фрагмент настоящего креста. Другие реликвии — серебряная рука Святой Анны, еще одна — святой Мартины, мизинец Святого Эразма, бюст Святого Себастьяна и, наконец, двустворчатый складень из позолоченного серебра с 22 отделениями, заполненными прахом различных блаженных. Кроме этого папского подарка в церкви находился великолепный запрестольный образ, заказанный герцогиней для украшения хора. Донья Мария приказала развесить вокруг статуи Девы семь картин, посвященных семи Радостям Марии. Последняя Радость и самая великая — Смерть, открывающая врата Рая была помещена над изображением Марии. Все венчали десять больших статуй: среди них — Святой Иоанн Креститель и Святой Иоанн Евангелист напоминали об убитом герцоге и его сыне; Святой Себастьян — один из святых, покровителей Борджиа, и Святой Каликст — напоминание о первом папе из этой семьи. Герцогиня вызвала лучших мастеров — валенсийского скульптора Дамиана Формента и художника Паоло да Сан-Леокадио, выходца из итальянской деревни, расположенной по соседству от Реджо Эмилиа. Донья Мария не жалела денег для отделки. Она потратила крупную сумму в 60 000 валенсийских су только чтобы заплатить за работу художника. В 1507 году заказала еще два запрестольных образа для церкви обители Бедных Монахинь (Кларисс), куда она собиралась впоследствии удалиться.
Она также приказала изготовить картины на религиозные сюжеты для молельни в своем замке. Считается, что среди них была картина, сегодня находящаяся в Коллегии Патриарха в Валенсии, с изображением Покрова Святой Богородицы, защищающей жертву покушения: Мадонна в окружении святого Доминика и святой Екатерины Сиенской возвышается над тремя братьями Борджиа — герцогом Джанни, Чезаре и Джофре. Герцогиня заказала эту картину, когда после пленения Чезаре Борджиа она пыталась добиться его осуждения за убийство брата.
Считается, что герцог Хуан Гандийский изображен увенчанным розами как избранник Божий, коленопреклоненный перед Девой, протягивающей ему красную розу мученика. Позади него стоит его мрачный убийца, потрясающий длинным ножом. У ног Хуана, на земле, лежит его герцогская шапка. Напротив него — цветущий бородатый мужчина, чертами и профилем напоминающий Чезаре на портрете, иллюстрирующем