В бывшем королевстве Гренада, на юге Испании, обстановка была взрывоопасной. Мориски время от времени бунтовали против представителей Его Католического Величества. В 1569 году репрессии достигли своего пика. Филипп II издал декрет, в котором приказал разрушить турецкие бани, запретил арабский язык и ношение традиционных мавританских одежд. Ответом стала настоящая война: нападения на Гренаду и Альмерию, осквернение церквей, убийства священников и монахов. Брат короля дон Хуан Австрийский выставил против бунтовщиков мощную армию. Адмирал Кастилии привел к побережью свой флот, чтобы помешать приходу подкрепления из Африки. Наконец, в 1571 году герцог д’Аркос разгромил мавров в решительном сражении, а Филипп II изгнал обращенных насильно, оставшихся в живых и их семьи; они шли через все королевство, доведенные до нищеты, умирая от болезней, и единственными, кто оказал им помощь, были отцы-иезуиты. Еще со времени основания их ордена они считали своей обязанностью проявлять сострадание к «новым христианам», евреям или мусульманам по происхождению. Франциск Борджиа увидел раздробленную Испанию, где царил произвол, преследовали за религиозные верования. Страна полыхала от религиозных сражений с внутренними и внешними врагами.
30 августа 1571 года кардинал Александрийский и отец прибыли в Барселону. Каталонцы радостно встретили своего бывшего вице-короля — они прекрасно помнили его как великолепного воина и умелого администратора. В его честь Инквизиция, до этого осудившая его труды, теперь опубликовала их, отдавая дань уважения стойкости его веры.
В Валенсии дети ждали встречи со своим отцом. Там были его сыновья — герцог Карлос и его брат Алонсо, его внук Франсиско, маркиз де Ломбэ, его зять маркиз де Дениа. Он с трудом избежал приготовленного для него праздника и поспешно направился в Мадрид выполнить поручение, данное ему и кардиналу Александрийскому — чисто формальное, потому что Испания уже согласилась стать ударной силой в будущем крестовом походе.
Дон Хуан Австрийский находился в Мессине, где под знаменем Святого Петра собирался огромный флот. Эскадрами командовали величайшие моряки того времени: генуэзец Андреа Дориа, римлянин Маркантонио Колонна, венецианец Бабариго и кастилец маркиз де Санта-Крус. 7 октября 1571 года этот христианский флот с иезуитами и капуцинами на борту (они составляли духовное войско) разгромил ислам, одержав решительную победу в морском сражении при Лепанто.
Успех крестового похода, однако, не значил, что посольство кардинала Александрийского и Франциска Борджиа закончилось. В Португалии они должны были решить одну деликатную проблему — речь шла о выживании королевской династии вообще. Молодой король Себастьян в свои семнадцать лет находился под абсолютным влиянием воспитавшего его иезуита Гонзальве де Камарра. Монах устроил так, что его брат Мартин де Камарра стал фаворитом и министром короля. В 1568 году, когда Себастьян достиг возраста совершеннолетия — ему исполнилось четырнадцать лет, — могущество иезуитов проявилось во всей своей полноте. Под их влиянием дворянские фамилии были вынуждены возвратить награбленное ими имущество, принадлежавшее военным орденам. Молодой человек мечтал только о заморских завоеваниях и победах над неверными. Но его духовные наставники считали, что необходимо срочно обеспечить династическую преемственность. Нужно было найти жену для юноши, хотя и было известно, что сделает он это нехотя, только повинуясь приказу своего исповедника, потому что ни по своей физической природе, ни по мистической экзальтированности он не был к этому расположен.
Его бабушка, королева Екатерина, хотела, чтобы он женился на одной из ее внучатых племянниц — одной из дочерей императора Максимилиана II. Тогда Австрийский дом по-прежнему обладал бы португальской короной. Но одна из этих двух принцесс вышла замуж за Филиппа II, а другая — за Карла IX. Единственной подходящей партией оставалась французская принцесса Маргарита де Валуа — дочь Екатерины Медичи и сестра короля Карла IX. В беседе с королем отец Борджиа подчеркнул, что папа Пий V тоже согласен на этот брак, так как благодаря ему Франция присоединится к католическому лагерю. Наконец Себастьян согласился, но сделал это исключительно из христианского смирения.